27 июня 1942 г. к уже имевшемуся у Гофмана званию группенфюрера СС было добавлено еще и звание генерал-лейтенанта войск СС. Он возглавлял в общей сложности RuSHA, если считать и время исполнения им обязанностей начальника, три с половиной года. В целом можно сказать, что борьбу за компетенцию Гофман проиграл ведомству имперского комиссара по вопросам консолидации германского народа: 20 апреля 1943 г. он был заменен выходцем из того управления Рихардом Гильдебрандтом. Впрочем, увольнение не сопровождалось опалой. На следующий день после отставки Гофман был назначен высшим руководителем СС и полиции на Юго-Западе (
После окончания войны Гофман был арестован американскими оккупационными властями и отправлен в лагерь. Военнопленным он не являлся, а учитывая его высокое положение в СС, с ним сразу же начали работу следователи. Тем более что американская юстиция вскоре спланировала проведение процесса Американского военного трибунала по делу расовых учреждений СС. Процесс открылся 1 июля 1947 г., и Гофман сел на скамью подсудимых. На процесс были представлены многочисленные доказательства преступной деятельности Гофмана, прежде всего совершенные им в рамках реализации политики германизации. Среди подобных обвинений были отъем у родителей и вывоз в рейх из оккупированных стран детей для онемечивания, организация преследований остарбайтеров за их половые сношения с немками, принудительное переселение больших групп населения, принудительная германизация иностранцев, использование рабского труда заключенных и т. д. Не было доказано лишь обвинение в грабеже частной и общественной собственности. 10 марта 1948 г. зачитан приговор: Отто Гофман был признан виновным в преступлениях против человечности и в военных преступлениях и приговорен к 25 годам тюремного заключения. Отбывать наказание Гофман был отправлен в тюрьму Ландсберга-на-Лехе, где после «Пивного путча» сидел сам Гитлер. Даже с учетом времени, проведенного в лагере до суда, Гофман должен был выйти на свободу в мае 1970 г. 74-летним стариком. Однако уже в январе 1951 г. срок тюремного заключения был ему снижен до 15 лет, а 7 апреля 1954 г. он был вообще освобожден, не отбыв в заключении и 10 лет.
Вспомнив старую профессию, обосновавшийся в Вюртемберге Гофман некоторое время работал в торговле. Затем он вышел на пенсию и поселился в небольшом – в 1970 г. в нем проживало около 12 тысяч человек – городке Бад-Мергентхейм в районе Майн-Таубер земли Баден-Вюртемберг, известным своим целебным горько-соленым источником и тем, что в нем с 1527 по 1809 год находилась резиденция великого магистра Немецкого (тевтонского) ордена. Здесь он скончался прямо накануне Нового года – 31 декабря 1982 г.
После проведения стремительной Польской кампании в распоряжении Германии оказались значительные территории на Востоке. Тем более что по подписанному 28 сентября 1939 г. советско-германскому Договору о дружбе и границах Германия еще и отказалсь от части литовских земель, предпочтя польские, на которых она, в соответствии с указанным договором, должна была проводить «необходимое государственное переустройство» (Статья 3). Перед нацистским руководством с особой остротой встал вопрос о срочном онемечивании территорий и переселении на захваченные земли более 100 000 человек, с тем чтобы в конце концов создать плацдарм, населенный дружественно настроенным населением, для последующего развития экспансии на Восток, против СССР. Ранее подобные планы массовых переселений уже имели место: например, предполагалось вывезти из Триеста (который после Первой мировой войны отошел к Италии и где было значительным причисляемое к немцам тирольское население) всех немцев, предоставив им земельные компенсации в Восточной Германии.