В 1941–1945 гг. Бергер также был офицером связи рейхсфюрера СС в Имперском министерстве восточных оккупированных территорий, а с июля 1942 г. стал еще и личным представителем рейхсфюрера СС в этом ведомстве и получил ранг статс-секретаря (заместителя министра). В 1941 г., занимаясь в Имперском министерстве восточных оккупированных территорий вопросами оккупации, способствовал выходу в свет учебника «Недочеловек» (
Война не обошла стороной и семью Бергеров: в нацистской Германии для детей высокопоставленных чиновников не было предусмотрено каких-либо льгот, да и по своему воспитанию они в большинстве своем стремились на фронт. Так и старший сын Бергера – Вольф – получил лишь одну привилегию: он был зачислен в элитный «Лейбштандарт СС Адольф Гитлер». Сражаясь в его рядах, унтерштурмфюрер СС Вольф Бергер и погиб 11 февраля 1943 г.
21 июня 1943 г. Бергер был произведен в обергруппенфюреры СС и генералы войск СС, а 1 июля получил Серебряный Германский крест. 20 августа 1943 г. он также возглавил 1-й главный отдел «Восточного министерства», став по должности одновременно и заместителем министра (этот пост он занимал до 20 января 1945 г.). В том же месяце он был избран депутатом Рейхстага от Восточного Дюссельдорфа. Приложил руку Брегер и непосредственно к руководству карательными операциями на оккупированных территориях: с 31 августа по 20 сентября 1944 г. он являлся высшим руководителем СС и полиции в Словакии – там как раз разгорался пожар народного восстания. Прибыв в Братиславу, обергруппенфюрер СС заявил, что «необходимо наводить кладбищенский покой после любого восстания». Восстание было утоплено в крови, а затем проведены не менее кровавые «зачистки».
После возвращения в Берлин Бергер 25 сентября был назначен начальником штаба германского фольксштурма. Создание фольксштурма стало одним из последних актов агонии нацистского режима. Истощив все возможности для возмещения громадных потерь, нацисты стали бросать в бой безусых пареньков и пожилых людей. Именно из них – тех, кто был признан негодным к действительной военной службе, – и формировались части фольксштурма. Создание таких отрядов и было поручено опытному вербовщику, специалисту по тому, как находить пушечное мясо в любых условиях, генералу войск СС Готтлобу Бергеру, разместившемуся в своей штаб-квартире на Дугласштарсса в Берлине-Грюневальде. В последний день октября он также стал еще и командующим резервными войсками и руководителем всей службы по делам военнопленных Германии. Теперь ему были подчинены все лагеря военнопленных на территории, контролируемой вермахтом. 15 ноября 1944 г. Бергер был награжден Рыцарским крестом за военные заслуги с мечами[86].