– Учебно-исследовательский отдел средневекового латинского языка, который с весны 1942 г. возглавлял Пауль Леман;
– Учебно-исследовательский отдел топографии и ландшафтного символизма во главе с Вернером Мюллером;
– Учебно-исследовательский отдел философии во главе с Куртом Шиллингом (в феврале 1939 г. было запланировано создание отдела, но открылся или нет – не ясно);
– Исследовательский отдел германского искусства был создан в Вене в мае 1938 г. Эмерихом Шафраном, однако официально утвержден не был и просуществовал лишь до конца года;
– Исследовательский отдел насыпных обитаемых холмов во главе с Вильгельмом Хаарнагелем;
– Исследовательский отдел прикладной социологии языка, который с осени 1942 г. возглавлял Георг Шмидт-Рор;
– Учебно-исследовательский отдел индогерманской немецкой (нордической) музыки, который возглавлял Антон Квелльмальц; в конце войны отдел вместе с архивом находился в Вейшенфельде;
– Учебно-исследовательский отдел истории индогерманского немецкого права, которым с 1942 г. руководил Вольфганг Эбель;
– Учебно-исследовательский отдел кельтских народов, во главе которого с лета 1942 г. стоял Людвиг Мюльхаузен;
– Учебно-исследовательский отдел рунологии (весной 1943 г. был объединен с Отделом по письменам и символам и переименован в Отдел рунологии и символистики); им руководил Вольфганг Краузе;
– Учебно-исследовательский отдел Центральной Азии и экспедиций (входил в Институт Свена Гедина); его начальником с января 1940 г. по январь 1943 г. был Эрнст Шэфер, прославившийся своей экспедицией в Тибет;
– Учебно-исследовательский отдел языкознания, возглавлявшийся с октября 1936 г. Вальтером Вюстом (8 марта 1938 г. он был переименован в Отдел индогерманского – арийского языкознания и культурологии).
– Исследовательский отдел общего естествознания (он значился в штатном расписании 1938 г., но реально не действовал);
– Исследовательский отдел народной медицины во главе с Александром Бергом был создан в 1938 г. и занимался в основном лекарственными растениями; он прекратил работу в 1939 г.;
– Учебно-исследовательский отдел изобразительного и прикладного естествознания, который в январе 1939 г. возглавил Эдуард Пауль Трац (этот отдел был создан в январе 1939 г. на основе зальцбургского «Дома природы», на который Аненэрбе удалось наложить руку);
– Исследовательский отдел метеорологии (геофизики), которым с февраля 1937 г. руководил Ганс Роберт Скултетус, занимался в основном долгосрочным прогнозированием погоды;
– Исследовательский отдел астрономии; в марте 1938 г. к нему была присоединены обсерватория в Грюнвальде (Мюнхен), руководил отделом с января 1939 г. Филипп Фаут;
– Исследовательский отдел биологии был создан в январе 1939 г. во главе с Вальтером Грейте; архивы и оборудование отдела хранились в Кведлинбурге;
– Исследовательский отдел ботаники, который с июля 1938 г. возглавлял барон Филипп фон Люцельбург; в его ведении находился исследовательский питомник рядом с Институтом энтомологии в Дахау (Верхняя Бавария);
– Исследовательский отдел геологии и минералогии был создан в апреле 1938 г.; с мая 1938 г. им недолго руководил Рольф Хене;
– Исследовательский отдел спелеологии и карстов был создан в октябре 1938 г. в Зальцбурге, в апреле 1939 г. отдел переехал в Мюнхен; сначала его возглавлял д-р Штейнхойзер, а затем Ганс Бранд. Весной 1942 г. Гиммлер санкционировал создание батальона СС по обороне карстов под командованием Бранда;
– Исследовательский отдел естествознания доисторического периода (лаборатория палеонтологии) во главе с Рудольфом Шютрумпфом;
– Исследовательский отдел зоогеографии и зооистории (значился в штатном расписании 1938 г., но существовал или нет – не известно);
– Исследовательский отдел остеологии (значился в штатном расписании 1938 г., но существовал или нет – не известно);
– Учебно-исследовательский отдел оккультных наук занимался исследованиями в области астрологии, хиромантии, оккультизма и др. наук, которые были запрещены в Германии. Отдел действовал очень недолгое время короткое время;
– Исследовательский отдел препарирования растений был создал в феврале 1942 г. во главе с Эрнст Пфоль, затем он был преобразован в Институт препарирования растений и поставлен под контроль Исследовательского отдела ботаники;
– Исследовательский отдел прикладной геологии Йозефа Виммера проводил анализы на содержание минералов, солей, воды;
– Учебно-исследовательский отдел биологии наследственности был создан летом 1944 г. совместно со Службой расового и наследственного здоровья;
– Учебно-исследовательский отдел генетики растений был создан в ноябре 1943 г. во главе с Гейнцем Брюхером в Ланнахе, близ Граца, позже он был преобразован в Институт генетики растений;
– Учебно-исследовательский отдел коневодства (в составе Института Свена Гедина) возглавлял Эрнст Шэфер – этот отдел должен был вывести новую породу лошадей, таких, какие были у древних кочевников;