Между тем не все ладилось и у самих военных. Свою первую директиву, составленную еще в апреле, Мола назвал «Цель, методы и пути» (генерал вообще слыл интеллектуалом и любил сочинять всяческие концепции). В документе прямо говорилось, что акция должна быть «крайне агрессивной», а всех политических противников надо сажать в тюрьму и подвергать примерному наказанию. 25 мая 1936 года Мола составил вторую директиву — конкретное распределение задач для всех высших командиров-путчистов. Планировалось захватить власть в провинциях и двинуться на Мадрид (победу в столице Мола считал маловероятной). Причем армейские части столичного гарнизона должны были сохранять показную верность республике и выступить из города якобы для подавления путчистов, к которым они на самом деле должны были присоединиться.
Молу тревожило, что, несмотря на все увещевания, с присоединением к заговору медлил не кто иной, как Франсиско Франко, который намечался на пост командующего мятежников в Марокко. Глядя на генерала, сомневались и многие другие офицеры. Герой марокканской войны по-прежнему боялся провала восстания. Он даже предложил руководить мятежом из Франции, куда он был готов переехать с Канарских островов.
Колебания Франко казались оправданными, когда правительство Кироги неожиданно затеяло кадровые перестановки в частях, дислоцированных в Марокко. Был снят с командной должности в Иностранном легионе полковник Ягуэ, которому был предложен пост военного атташе за границей. Но настырный полковник добился приема у Кироги и отстоял свою должность. Это был роковой просчет премьера, и, к сожалению, далеко не единственный. 3 июня глава Службы безопасности Алонсо Мальоль решил проверить самого Молу, неожиданно лично нагрянув в Памплону под видом поиска контрабандного оружия из Франции, якобы поступившего карлистам. Но Мола был предупрежден одним из офицеров полиции, сочувствующим заговорщикам, и Мальоль не смог обнаружить никаких компрометирующих материалов.
23 июня 1936 года Франко неожиданно обратился к Касаресу Кироге с длинным и путанным письмом, в котором в завуалированной форме содержалось предупреждение, что терпение армии подходит к концу. Генерал просил прекратить преследования «талантливых и преданных делу офицеров» (имея в виду и себя), намекая, что готов занять высокий пост в центральном аппарате вооруженных сил, чтобы навести там порядок. Потом, уже после начала мятежа, Франко объяснял, что хотел сбить премьера с толку. Но на самом деле, он все еще колебался и готов был встать на сторону республики, если это обеспечит его карьеру.
Кирога проигнорировал письмо Франко, чем, сам того не зная, заставил будущего «каудильо» и «генералиссимуса» сделать решающий выбор. Теперь Мола мог окончательно утвердить распределение ролей. На пост главы государства намечался Санхурхо, Франко соглашался на пост Верховного комиссара в Марокко.
К середине июня 1936 года о военном заговоре не говорил уже только ленивый. Прието обратился с просьбой к Кироге выдать рабочей милиции партий Народного фронта оружие (у социалистов Мадрида было около 15 тыс. бойцов, которых тренировали офицеры-республиканцы). Это требование поддержали коммунисты и военнослужащие левых взглядов. Но Кирога только посмеивался над «страхами», заверяя, что все под контролем (Прието он еще к тому же подозревал в стремлении занять кресло главы правительства).