Но император Павел I был убит 12 (24) марта 1801 года, а 12 сентября 1801 года новый российский император Александр I утвердил манифест «К грузинскому народу» и утвердил «Постановление внутреннего в Грузии управления», согласно которым главнейшей задачей нового правления являлось упрочение позиций самодержавной России в Грузии, присоединение других политических единиц Закавказья, освоение природных богатств Картли-Кахети, сбор налогов, соблюдение правопорядка.
Александр Багратион. XIX век
То есть в сентябре 1801 года, уже при императоре Александре I, Картли-Кахетское царство было упразднено, и Восточная Грузия вошла в состав Российской империи.
Таким образом, как пишут в своей «Истории Грузии» Мераб Вачнадзе, Вахтанг Гурули и Михаил Бахтадзе, «Россия беспрепятственно добилась того, чего Турция и Иран не смогли добиться в ожесточенных боях. Она без всяких осложнений упразднила Картли-Кахетское царство».
Но, по словам грузинских историков, «грузинский народ не мирился с потерей независимости и продолжал борьбу за свою свободу».
Со своей стороны, российские власти объявили упомянутого выше царевича Александра Багратиони изменником. Царевич пытался организовать антирусские восстания в различных провинциях Грузии, однако он, командуя отрядами иностранных наемников, не пользовался поддержкой знати и большинства населения. Скончался он в крайней нищете в Тебризе и был похоронен в местной армянской церкви.
После овладения Россией Восточной Грузией не могла не решиться и судьба Западной Грузии. Завоевание Имеретского царства, Мегрельского, Гурийского, Абхазского и Сванетского княжеств было лишь вопросом времени.
8 мая 1802 года в Тифлисе в торжественной обстановке было открыто новое ведомство – «Верховное правительство Грузии» во главе с «главнокомандующим Грузией» или «главноуправляющим».
Для упрочения нового правления в Грузии было решено придать ему «национальный» колорит. С этой целью император Александр I назначил главноуправляющим Грузией упомянутого выше представителя московской грузинской колонии генерала П. Д. Цицианова (Цицишвили).
Его помощником, в основном в гражданской сфере, был назначен «управляющий Грузией», который также руководил главным из четырех администраций (экспедиций) – исполнительным управлением.
Начальниками трех остальных управлений назначались русские чиновники, которые общались с местным населением, не владеющим русским языком, через советников из среды грузинского дворянства. Последние назначались также судьями в уездах, где начальниками были русские офицеры, именуемые «капитан-исправниками».
Старые приставства (самоураво) постепенно уступали место новым уездно-административным единицам.
Всю Картли-Кахети разделили на пять уездов: Горийский, Лорийский, Душетский, Сигнахский и Телавский. В каждом уезде имелись свои полиция, суд и прокуратура. Экономическими проблемами округа занимался казначей. Управление городами было возложено на русских комендантов, помощники которых назначались из числа представителей грузинской знати.
С самого начала новое правление заручилось поддержкой местного дворянства. Однако первое время часть грузинских феодалов не могла примириться с новой властью, которая, опираясь на силу регулярной армии и не желая терпеть традиционное самоуправство феодальной знати, в корне подрывала саму систему феодальных княжеств, подготавливая тем самым основу для полной ликвидации их независимости.
Облеченный императором неограниченными полномочиями генерал Цицианов прибыл в Тифлис 1 февраля 1803 года и за короткое время сумел не только укрепить новое правление в Картли-Кахети, но ввести аналогичное правление и в других частях Закавказья.
Генерал П. Д. Цицианов. Неизвестный художник. XIX век
Генерал Цицианов получил приказ о вводе русских войск в Имерети. К тому же он начал оказывать давление на местного царя Соломона II и склонять его на добровольное подчинение. В сложившейся обстановке Соломон II предпочел избегнуть войны.
В 1804 году имеретский царь Соломон II и главноуправляющий Грузией П. Д. Цицианов встретились для переговоров в селе Элазнаури (Харагоульский район). Переговоры не дали результатов. Тогда русское войско стало занимать территорию Имерети, принуждая население присягнуть российскому императору. Соломон II был вынужден принять российское подданство.
В 1804 году между Имеретским царством и Россией была заключена Элазнаурская конвенция.
4 (16) июля 1804 года Александр I утвердил конвенцию. Тем не менее отношения России и Соломона II, ставшего, согласно конвенции, «вечным» подданным российского императора, продолжали ухудшаться. В 1809 году он поддержал восстание в Восточной Грузии, начатое его родственниками, за что был взят под стражу и заключен в тюрьму в Тифлисе.
11 (23) мая 1810 года Соломон II бежал в Турцию, где и умер 7 (19) февраля 1815 года.