Георгий XII очень боялся, что грузинские князья начнут междоусобную борьбу, в результате которой Грузия будет завоевана персами. Его отношения с собственными братьями после смерти царя Ираклия еще больше обострились. Царевичи уединились в своих имениях и не подчинялись новому царю. Грузинские князья разделились на две группы. Одни поддерживали сына Георгия XII – Давида, а другие – сына Ираклия II Юлона. Примечательно, что небольшая часть дворянства была сторонницей присоединения к России, другая же часть считала, что Картли-Кахети должна воспользоваться противоречиями между крупными государствами и, маневрируя, сохранить свою независимость.
В 1799 году в Картли-Кахети вступил русский полк генерала И. П. Лазарева. Этот человек был произведен в генерал-майоры в августе 1798 года и отправлен в Тифлис, когда Георгий XII отдался в подданство России и попросил императора Павла I прислать русские войска для защиты его от нашествия персов.
Франц Рубо. Вступление русских войск в Тифлис. Конец XIX века
И. П. Лазарев со своим полком прибыл в Тифлис 20 ноября 1799 года и был торжественно встречен царем и всем населением царства. При этом состоявший при Георгии XII полномочный посол П. И. Коваленский не только не оказал содействия Лазареву, но всячески интриговал против него, боясь его влияния на слабовольного царя. В 1800 году Коваленский был отозван.
А в конце 1800 года царь Георгий XII тяжело заболел. Во время его болезни верховная власть постепенно перешла в руки командующего русскими войсками в Грузии генерала И. П. Лазарева.
В конце того же 1800 года в Картли-Кахети вторгся с 15-тысячным войском Омар-хан Аварский. Генерал Лазарев тотчас же выступил ему навстречу и на реке Иори вместе с грузинским ополчением нанес ему сокрушительное поражение.
28 декабря 1800 года царь Георгий XII умер, но И. П. Лазарев успел удержать всех царевичей от попыток захватить престол, потребовав дождаться решения императора Павла I, который, по его мнению, один мог решать дальнейшую судьбу Грузии.
Со своей стороны, император Павел I «для обеспечения спокойствия и безопасности грузинского народа» счел необходимым и возможным упразднить Картли-Кахетское царство и установить в нем новое (русское) правление взамен старого (грузинского).
В январе 1801 года в Санкт-Петербурге и Москве был обнародован манифест о присоединении Грузии к России.
По мнению историка М. Д. Гогитидзе, «текст манифеста выглядел несколько туманно и неконкретно, без упоминания судьбы грузинской династии».
Там было сказано:
Вслед за этим, 16 февраля 1801 года, в Сионском соборе на русском и грузинском языках был зачитан манифест о присоединении Грузии к России на вечные времена.
А 17 февраля манифест был объявлен жителям города в соборной церкви Тифлиса.
С. С. Щукин. Император Александр Павлович. 1800-е годы
Однако уже в марте 1801 года на российском престоле оказался Александр I (Павел I, как известно, был убит в результате дворцового заговора), которому сразу же пришлось решать вопрос, связанный с присоединением. И если при Павле I на этот вопрос смотрели с точки зрения государственного интереса, то его сын рассматривал его в большей степени с точки зрения права. В то время Александр I был сторонником честной политики, и он крайне негативно отнесся к акту присоединения, под которым не было, как он считал, достаточной правовой основы. Однако проблема состояла в том, что манифест Павла I уже был зачитан, и присоединение уже фактически началось.
Ввиду сомнений нового императора, вопрос о Грузии был вынесен на обсуждение Государственного Совета. Первое заседание нового Совета по Грузии состоялось 11 апреля 1801 года. При этом «молодые друзья» Александра I были против присоединения, но в старом составе Совета преобладала «имперская» партия, которая мыслила еще в духе эпохи Екатерины II. По их мнению, следовало удержать Грузию в составе империи как из-за богатых рудников, так и ради спокойствия границ.
В итоге в том первом заседании вопрос так и не был решен.