К утру 9 апреля 1989 года перед Домом Правительства в боевую готовность были приведены войсковые части Закавказского военного округа и переброшенный из Москвы воздушным десантом отряд спецназа внутренних войск. Операцией по разгону митинга непосредственно руководил командующий войсками Закавказского военного округа генерал И. Н. Родионов.
Отметим, что в Тбилиси были переброшены 4-й мотострелковый полк дивизии Дзержинского, находившийся в тот момент на ликвидации последствий землетрясения в Спитаке, 345-й полк ВДВ из Кировабада, бойцы пермского и воронежского ОМОНов и 450 курсантов Горьковской высшей школы МВД СССР. Кроме того, к участию в спецоперации был привлечен 8-й мотострелковый полк, дислоцировавшийся в Тбилиси, а также группы «А» и «В» КГБ СССР.
8 апреля частью митингующих была предпринята попытка захватить технику для блокирования улиц, а также были произведены нападения на сотрудников милиции и военнослужащих.
В связи с прибытием (по просьбе руководства республики) в Тбилиси внутренних войск МВД СССР для поддержания общественного порядка Звиад Гамсахурдия и его ближайшие сподвижники отложили выезд отрядов боевиков-националистов в Сухуми «для решения абхазского вопроса».
После митинга у Дома Правительства в ночь с 8 на 9 апреля 1989 года
По утверждению генерала И. Н. Родионова, если бы не разгон митинга силами армии, «начался бы штурм здания» ЦК Компартии Грузии, и тогда «страшно подумать, сколько бы было убитых и раненых». Однако это мнение не стыкуется с фактами. В заключении Комиссии Съезда народных депутатов СССР по расследованию событий, имевших место в Тбилиси 9 апреля 1989 года, было сказано так:
На митинг собралось около 10 тысяч человек, и митингующие построили на прилегавших улицах баррикады, используя для этого 29 грузовиков и троллейбусов. Известно также, что был создан так называемый «Легион грузинских соколов» и отряды из бывших воинов-афганцев, спортсменов и физически крепких мужчин, которые вооружились металлическими прутьями, цепями, камнями и другими подручными средствами. Был организован сбор денег для приобретения огнестрельного оружия.
В 2 часа 50 минут к митингующим через мегафон обратился начальник УВД города Тбилиси полковник Р. Л. Гвенцадзе с призывом разойтись, затем в 3 часа 45 минут с аналогичным призывом обратился католикос Илия II. И лишь после этого генерал И. Н. Родионов приказал начать «вытеснение» митингующих с площади.
Вооруженные дубинками, саперными лопатами и слезоточивым газом «Черемуха», солдаты ворвались на площадь перед Домом Правительства.
В своей «Истории Грузии» Мераб Вачнадзе, Вахтанг Гурули и Михаил Бахтадзе пишут: «Жестокость карателей превзошла все ожидания. За несколько минут атакующие солдаты очистили площадь от митингующих».
По одним данным, погиб 21 человек и пострадали 290. Более 2 000 человек получили отравление газом. По другим данным, 16 участников митинга погибли на месте происшествия, а трое – в период с 10 по 13 апреля – вскоре скончались в больнице. Как установила судебно-медицинская комиссия, причиной смерти всех погибших, за исключением одного случая с тяжелой черепно-мозговой травмой, являлось удушье (асфиксия) в результате сочетания вдыхания химических веществ и сдавливания грудной клетки в давке.
По данным следственной комиссии Верховного Совета Грузинской ССР, в течение месяца, с 9 апреля по 9 мая 1989 года, за медицинской помощью в лечебные учреждения обратились около 4 000 человек.