Оставшиеся верными Колчаку части от восставших отделяла ещё не замёрзшая Ангара. Понтонный мост был сорван ледоходом, а пароходы контролировались интервентами. Начальник Иркутского гарнизона генерал-майор Е.Г. Сычёв, объявив с 12 часов 25 декабря осадное положение, уведомил командование интервентов о планах артиллерийского обстрела казарм 53‐го полка, однако главнокомандующий союзными войсками генерал М. Жанен запретил обстрел, пригрозив ответной стрельбой по городу, а полосу, где находились восставшие, объявил нейтральной. Все находившиеся в городе офицеры были мобилизованы на борьбу с повстанцами и переведены на казарменное положение.
28 декабря к повстанцам решили присоединиться большевики, занимавшие до этого выжидательную позицию. Политцентр, как и Сибкрайком, ещё до начала своего выступления неоднократно предлагал сибирским коммунистам принять участие в подготовке переворота. Большевики же лишь обещали, не входя формально в Политцентр, обеспечить ему «контакт в деле реальной борьбы с реакцией». Но, как сообщал в ЦК РСДРП И.И. Ахматов, «…контакта фактически не было до развязывания силами Политцентра вооружённой борьбы с реакцией. Красноярск и железнодорожная линия от Нижнеудинска до станции Михалево (в 30 верстах восточнее Иркутска) были заняты войсками 1‐й Народной революционной армии Восточной Сибири, началась уже вооружённая борьба за обладание Иркутском, когда сибирский центр коммунистов решил соединить и свои силы с силами политцентра».
Местные большевики действовали осторожно, так как в Иркутске находились военные и дипломатические миссии, представительство чехословацкого Национального совета. Кроме того, коммунисты опасались, что чехословацкие части, американский батальон, а также батальон японцев в случае выступления под лозунгом «советской власти» могут поддержать правительственные войска. Поэтому на совместном совещании Сибирского и губернского комитетов РКП(б) было решено, по словам И.В. Сурнова, «принять активное участие в боях, забирая постепенно руководство восстанием в свои руки».
Оказавшись в критическом положении, Колчак 23 декабря 1919 г. назначил Г.М. Семёнова главнокомандующим войсками Забайкальского, Приамурского и Иркутского военных округов, а 24 декабря произвёл его в генерал-лейтенанты.
В ответ Семёнов отправил из Верхнеудинска в Иркутск отряд из тысячи человек под командованием генерал-майора Л.Н. Скипетрова.
Семёновцы прибыли по железной дороге к Иркутску 30 декабря. Непосредственно на станцию Иркутск бронепоезда белых не попали, так как железнодорожники пустили навстречу головному бронепоезду паровоз-брандер, повредив его и колею. Тогда семёновцы высадили у семафора 600 человек при 4 орудиях и 8 пулемётах, и начали атаку Глазкова. Белым удалось захватить часть Глазкова до железнодорожного вокзала.
Однако в дело неожиданно вмешались чехословаки, которые, ссылаясь на приказание М. Жанена, потребовали немедленно прекратить бой и отвести войска на станцию Байкал, грозя в противном случае применить вооружённую силу. В подтверждение своих намерений чехословаки выдвинули бронепоезд «Орлик», который по вооружению и оборудованию был сильнее трёх бронепоездов семёновцев вместе взятых.
Колчак и его окружение обсудили варианты дальнейших действий. Был выдвинут план ухода в Монголию, к границе с которой вёл от Нижнеудинска старый тракт длиной в 250 вёрст. Конечно, адмирала должны были преследовать. Но у него был конвой численностью более 500 солдат и 60 офицеров, с которым преследования можно было не опасаться. Колчак загорелся этим планом.
Адмирал надеялся на верность своих солдат и офицеров. Собрав конвой, он, вызвав на откровенный разговор и предварительно предоставив бойцам свободу выбора, сообщил, что не едет в Иркутск, а остаётся временно в Нижнеудинске, предложил остаться с ним всем тем, кто готов разделить его судьбу. И только после этого освобождённые от обязательств солдаты, воспользовавшись предоставленной свободой действий, покинули адмирала.
К утру из 500 человек осталось с ним лишь десятеро. Офицеры остались, но высказались за уход поодиночке и принятие адмиралом предложение чехов как лучший вариант. На вопрос Колчака «Что же, вы бросаете меня?» – старший офицер ответил: «Никак нет, Ваше Высокопревосходительство, если Вы прикажете, мы пойдём». После этого, поняв, что в успех офицеры не верят, адмирал распустил их.
Колчак не доверял союзникам, но после долгих колебаний всё же решил положиться на них. Он занял купе в пассажирском вагоне второго класса, декорированном флагами Великобритании, США, Франции, Японии и Чехословакии. Генерал Жанен получил от высоких комиссаров письменную инструкцию обеспечить, если окажется возможным, безопасное следование Колчака туда, куда он захочет. Фраза «если окажется возможным» была включена в инструкцию по настоянию Жанена.