Защита докторской диссертации Павлова «Центробежные нервы сердца» прошла успешно и своевременно. Рецензентами были С. П. Боткин, Д. И. Кошлаков и И. Р. Тарханов, давшие по ложительные отзывы о диссертации. Весной 1883 г. у него исте кал срок прикомандирования к Клиническому госпиталю ВМА, и он был обязан явиться в 32й Кременчугский полк для даль нейшего прохождения службы как бывший стипендиат акаде мии. По ходатайству Боткина ему был продлен срок работы при ВМА еще на год.
В ноябре 1883 г. Павлова допустили к соисканию звания при ватдоцента по кафедре физиологии, и в марте 1884 г. он прочел на заседании Конференции ВМА две пробных лекции «Центро бежные нервы сердца» и «Опыты над ускоряющими и усилива ющими нервами сердца». Он был избран приватдоцентом кафед ры физиологии и стал читать доцентский курс в академии, хотя в то время он был не обязательным (с 1888 г., когда Конферен ция приняла решение об обязательном чтении лекций приват доцентами).
В марте 1884 г. С. П. Боткин предложил Конференции ВМА командировать И. П. Павлова и С. М. Левшинова для усовершен ствования за границу на два года, и разрешение было получено.
В июне 1884 г. Павлов побывал в Бреславле у Гейденгайна, с которым он уже был ранее знаком. В мае 1885 г. он переехал к Людвигу в Лейпциг. После двухлетнего пребывания за границей Павлов вернулся в ВМА и продолжал вести исследования в ла боратории при клинике Боткина. Спустя год после возвращения ему все никак не удавалось получить кафедру, несмотря на мно гочисленные попытки. 20 апреля 1887 г. он был назначен вра чом для командировок VI разряда Клинического госпиталя.
Необходимо отметить, что в декабре 1888 г. медицинский факультет Варшавского университета присудил Павлову премию Адама Хойнацкого в размере 900 р. за сочинение «Усиливающий Краткий очерк жизни и деятельности И. П. Павлова 563 нерв сердца». Это была первая научная награда Павлова. Мож но предположить, что в этом ему оказал содействие С. М. Лукья нов, который в то время уже был профессором общей патологии в Варшавском университете.
Лукьянов был не только сокурсником Павлова по академии, но и сотрудником в лаборатории при клинике Боткина, там Лукьянов выполнял экспериментальную часть своей докторской диссертации, консультируясь с Павловым о постановке и прове дении опытов. Работая в знаменитой клинике Боткина, Лукья нов проявил склонность к научным изысканиям. Одновремен но, как и Павлов, он преподавал на фельдшерских курсах при Общине сестер милосердия св. Георгия. Лукьянов защитил дис сертацию на тему «К вопросу о функциональных расстройствах сердца по отдельным полостям» на степень доктора медицины, в которой экспериментально подтвердил идею Боткина о нали чии нервных механизмов, лежащих в основе некоторых видов аритмий.
Несмотря на все перипетии, Павлов продолжал вести иссле дования в лаборатории при клинике Боткина по физиологии пищеварения, изучая деятельность поджелудочной железы и собственно желудка. В это время он начинает оперировать собак по способу Басова, делая им фистулы желудка, и продолжает совершенствовать методику изолированного желудочка, разра ботанную Гейденгайном. Поиски, как тогда говорили, «места» продолжались.
В апреле 1889 г. Павлов баллотировался по конкурсу на ка федру физиологии животных Петербургского университета, но избранным оказался Н. Е. Введенский. В январе 1890 г. он сде лал попытку быть избранным на кафедру фармакологии Том ского университета и был утвержден ее профессором 23 апреля [12].
А 24 апреля 1890 г. Конференция избрала его экстраординар ным профессором кафедры фармакологии ВМА. В отзыве, пред ставленном комиссией в составе профессоров И. И. Насилова, К. Ф. Славянского, И. Р. Тарханова, В. В. Пашутина и Ю. Т. Чуд новского, отмечалось: «Павлов обращает на себя внимание тон кими экспериментальнофизиологическими исследованиями, руководил многими фармакологическими работами… Несомнен но, из доцента Павлова выработается выдающийся фармаколог».
В июле 1890 г. приказом по военному министерству Павлов был утвержден в этой должности. В результате этого материаль ное положение молодой семьи упрочилось, что позволило им даже снять дачу в Силламягах, недалеко от УстьНарвы, где в дальнейшем Павлов с семьей отдыхал летом многие годы и куда к нему приезжали его ученики.