Среди других полномочий, переданных Небесным Владыкой режиму
На протяжении более ста лет сёгунат Камакуры, в тандеме с гражданской администрацией Киото обеспечивал стабильность в государстве. Однако определенные (и весьма могущественные) военные наместники постепенно укреплялись в мнении, что Камакура не может в полной мере вознаградить их за службу Все более возрастающую поддержку им оказывали и управляющие земельных владений. Ощущение несправедливости, совершенной по отношению к ним, усилилось среди членов военного сословия после столкновений с монгольскими войсками в 1274 и 1281 гг. Монголы направили к японским островам более 4000 кораблей, на которых находилось около 140 000 человек, входивших в состав экспедиционного корпуса. Их целью было заставить японцев подчиниться монгольскому хану. На пологих берегах Кюсю самураи смогли одолеть противника, однако за свой подвиг они получили слишком малую награду. Правда, следует отметить, что в обоих случаях на монголов, едва они только касались японского берега, обрушивался
В 1338 г. Небесный Владыка утвердил Такаудзи в должности сёгуна. Свое «шатровое правительство» клан Асикага обосновал в Киото. Несмотря на свое высокое происхождение и полученные от императора полномочия, сёгуны Асикага никогда не располагали достаточными силами или авторитетом для того, чтобы держать в узде наиболее сильные воинские роды Японии. Постепенно военные наместники начали соединять земли, находившиеся в их подчинении, с титулами. Их поведение становилось все более независимым. Они уже сами решали, выполнять им приказы, поступающие из Киото, или не обращать на них никакого внимания. В середине XV столетия спор по поводу наследования должности сёгуна нарушил шаткое равновесие между кланом Асикага и военными наместниками. Воспользовавшись сложившейся ситуацией, могущественные соперники начали борьбу за военную гегемонию, что вылилось в разрушительную и кровопролитную Онин-скую войну, длившуюся с 1467 по 1477 г. Война лишила власти практически всех военных наместников, превратила Киото в груду тлеющих развалин и положила начало периоду раздробленности, известному как «эпоха Сенгоку», когда Япония была «воюющей страной».
Хотя и императорский двор, и сёгунат пережили Онинскую войну, из нее они вышли опустошенными, подобно морским ракушкам. Правительство было таковым лишь номинально: оно едва ли могло влиять на события, происходившие за пределами разоренной столицы. Вне Киото военные правители, называемые даймё, собирали вокруг себя самураев и устанавливали собственный контроль над хорошо организованными уделами, управляя ими как практически независимыми государствами. Даймё, настроенные весьма агрессивно, возводили сначала достаточно грубые укрепления, перейдя затем к постройке внушительных замков. Они собирали налоги с крестьян, населявших их владения, и отбивали нападения других даймё, жаждущих поживы. Да и сами они не прочь были расширить свои владения за счет соседей. Своего пика период децентрализации достиг в середине XVI в., когда сотни владений даймё лоскутным одеялом покрыли Японский архипелаг.