В 1598 г., незадолго до своей смерти, Хидэёси заставил пятерых главных даймё, и в их числе — Иэясу, дать клятву блюсти интересы дома Тоётоми, пока его малолетний сын Хидэёри, живущий в замке в Осаке, не достигнет совершеннолетия. Тем не менее амбиции и соблазн обрести господство над всей страной весьма быстро овладели всеми поклявшимися. В результате возникших склок и заговоров Токугава и его сторонники оказались перед лицом коалиции западных даймё. Враждующие стороны сошлись в решающей битве при Секигахаре, произошедшей в середине Девятого месяца 1600 г. Армия Иэясу, насчитывавшая в своих рядах 70 000 человек, сходу разгромила войско противника. Уже вечером того же дня триумфатор Иэясу, надев особый церемониальный шлем, созерцал отрубленные головы тысяч врагов, поверженных в битве. В следующем месяце даймё, прибывавшие со всех концов Японии, спешили уверить победоносного полководца в своей преданности. Менее чем три года спустя, во Втором месяце 1603 г., Божественный владыка отметил успехи Иэясу, возведя его в должность сёгуна.
После утверждения Иэясу в должности сёгуна дом Токугава создал новый тип шатрового правительства — более могущественный, чем существовавшие в прошлом. Подобно своим предшественникам, сёгуны Токугава взяли на себя поддержание порядка внутри военного сословия и сохранение спокойствия в стране. Кроме этого, Иэясу и его ближайшие преемники — Хидэтада и Иэмицу — заявляли о своих исключительных правах на введение новых законов, взимание налогов и разрешение споров. Во второй половине XVII столетия, когда процесс государственного строительства был завершен, сёгунат Токугава обладал широчайшими полномочиями. Это сделало его центром управления страной.
Два краеугольных камня были положены в основу властной структуры дома Токугава: непреодолимая военная мощь и бесспорное монопольное право на должность сёгуна. Чтобы закрепить это право за своей семьей, в 1605 г. Иэясу официально отказался от должности сёгуна, предварительно договорившись с Небесным Владыкой о том, что новым сёгуном будет назначен его сын Хидэтада. Десять лет спустя, в конце 1614 — начале 1615 г., Иэясу и Хидэтада повели свои войска в последний поход против Хидэёри, который еще имел в своем распоряжении около 100 000 приверженцев Тоётоми. Все они находились в замке Осака. В кровопролитнейшем сражении, выходящем за рамки даже той разнузданной жестокости, которая была присуща данной эпохе, отряды Токугава испепелили и огромную крепость, и торговый посад, ее окружавший. Защитники замка, носившие фамилию Тоётоми, были истреблены. Хидэёри, находясь в безвыходном положении, был вынужден совершить самоубийство. В следующем году сошел в могилу и Иэясу. В отличие от своего врага, он умер своей смертью, удовлетворенный сознанием того, что ему удалось заложить прочный фундамент существования нового режима.
Укреплению власти линии Токугава способствовало и накопление этим домом в своих руках огромных богатств. Победа на поле боя позволила дому Токугава конфисковать земли многих своих противников. Ко времени третьего сёгуна, Иэмицу, в собственности клана находилось около четверти всех обрабатываемых земель Японии. Ежегодное производство риса на землях сёгуната достигало приблизительно 6,8 млн коку (коку — мера сыпучих тел, равная приблизительно 5 бушелям, теоретически 1 коку хватало на то, чтобы прокормить одного взрослого мужчину на протяжении одного года). Собираемые налоги сёгунат также использовал для финансирования своих предприятий и выплату жалования своим непосредственным вассалам (которых насчитывалось около двадцати двух тысяч), пяти тысячам самураев «под знаменем»[5]
и более чем семидесяти тысячам офицеров, которые осуществляли контроль за тысячами и тысячами воинов более низких рангов. Вдобавок сёгунские чиновники непосредственно управляли такими важными портами и зарождающимися городами, как Нагасаки и Осака. Они также контролировали золотые, серебряные и медные рудники, продукция которых использовалась в монетной системе Японии.Необходимым условием для выживания нового режима было сотрудничество с другими влиятельными и авторитетными институтами общества. Лишь хорошие отношения с представителями других японских элит — императором и придворными, буддийским духовенством, даймё — могли гарантировать господствующее положение дому Токугава. Несмотря на то что киотская знать испытывала страдания на протяжении долгих десятилетий, когда Япония была воюющей страной, полу-божественный Небесный Владыка продолжал оставаться единственным источником легитимизации политической власти. Соответственно, сёгуны Токугава понимали, что они могут упрочить свою собственную репутацию путем восстановления престижа трона и окружающей его аристократии. С этой целью сёгунат восстановил дворцы и особняки, давно находившиеся в запустении, и выделил императорской семье и придворным земли, необходимые для обеспечения их существования.