К моменту высадки американцев в заливе Лейте состав японского флота и его дислокация были следующие. Основные линейные и крейсерские силы сводились в Первое Ударное (или диверсионное) Соединение, часто в литературе называемое Соединением «А» или Центральным, которым командовал вице-адмирал Такео Курита. В свою очередь оно делилось на две секции. В первую, которой командовал сам Курита, входили: 1-я эскадра линкоров вице-адмирала Матоме Угаки («Ямато», «Мусаси», «Нагато»), 4-я эскадра крейсеров («Атаго» под флагом Куриты, «Такао», «Тёкай» и «Майя»), 5-я эскадра вице-адмирала Синтаро Хасимото («Миоко», «Хагуро») и 2-я флотилия контр-адмирала Микио Хаякавы (флагманский крейсер «Носиро» и 9 эсминцев 2-го, 31-го и 32-го дивизионов). Во вторую, которой командовал вице-адмирал Йосио Судзуки, входили: 3-я эскадра линкоров («Конго», «Харуна»), 7-я эскадра крейсеров вице-адмирала Кадзутака Сираиси («Кумано», «Судзуя», «Тикума», «Тоне») и 10-я флотилия эсминцев контр-адмирала Сусуми Кимуры (легкий крейсер «Яхаги» и 6 эсминцев, из которых 4 входили в 17-й дивизион).
Второе Ударное Соединение или арьергард Южного Соединения, которым командовал вице-адмирал Кийохиде Сима, состояло из 21-й эскадры крейсеров самого Симы («Нати», «Асигара») и 1-й флотилии эсминцев контр-адмирала Масатоми Кимуры (легкий крейсер «Абукума», 7 эсминцев 7-го, 18-го и 21-го дивизионов).
Третье Ударное Соединение или Соединение «С» или авангард Южного Соединения под командованием вице-адмирала Содзи Нисимуры состояло из 2-й эскадры линкоров («Ямасиро» под флагом Нисимуры, «Фусо»), тяжелого крейсера «Мотами» (входил в состав 5-й эскадры) и 4 эсминцев (3 из 4-го дивизиона, «Сигуре» из 2- го).
Главные силы или Северное Соединение, которым командовал вице-адмирал Дзисабуро Одзава, остававшийся командующим Мобильным Флотом, состояли из 3-й дивизии авианосцев самого Одзавы («Дзуйкаку», «Дзуйхо», «Читосе», «Чиода»), 4-й дивизии контр- адмирала Тиаки Мацуды (линкоры-авианосцы «Хьюга», «Исё»), легких крейсеров «Ойодо» и «Тама», 61-го дивизиона эсминцев (3 единицы плюс эсминец из 41-го дивизиона), 31-й эскортной эскадры контр- адмирала Хейтаро Эдо (крейсер «Исудзу», 4 эсминца 43- го дивизиона), группы снабжения (эсминец, 6 эскортных кораблей, 2 танкера).
16-я эскадра вице-адмирала Номаза Саконджу (тяжелый крейсер «Аоба», легкий «Кину» и эсминец) была отделена от Первого Ударного Соединения и вместе с тремя эсминцами-транспортами образовала Транспортное Соединение для перевозки войск в Манилу.
В операции были задействованы и все силы базовой авиации: 3-е (Филиппинское) Соединение вице-адмирала Гунити Микавы (штаб в Маниле), 5-е (1-й Воздушный Флот) вице-адмирала Такидзиро Ониси, которого 20 октября сменил вице-адмирал Тераока (аэродром Кларк Филд), 6-е (2-й Воздушный Флот) вице-адмирала Сигеру Фукудоме (Такао на Формозе), а также Передовое Экспедиционное Соединение (6-й Флот) вице-адмирала Сигеёси Мива из 17 подводных лодок. Всего, с учетом главнокомандующего Объединенным Флотом Тойода, командиров линкоров и тяжелых авианосцев (контр-адмиральская должность в японском флоте), в бой шло целое созвездие высших офицеров: 1 адмирал, 14 вице-адмиралов и 15 контр-адмиралов.
18 октября Первое и Третье Ударные Соединения (включая 4-ю, 5-ю, 7-ю эскадры, и «Могами») получили приказ выйти из района Сингапура в залив Бруней на северо-западном берегу острова Борнео (прибыли туда 20- го), а подводные силы - отправиться в залив Лейте. В тот же день, проверив сведения по двум источникам - донесениям о сосредоточении американских сил в заливе Лейте и перехваченным радиограммам о пункте высадки - японское командование полностью ввело в действие план “Сё-Г. Второму Ударному Соединению (включая 21- ю эскадру), отступившему после неудачного выхода во время битвы за Формозу в Омами-О-Сима, было приказано двинуться на юг к Пескадорским островам. На пути ему изменили задачу и направили на поддержку Третьего Соединения. Отсутствие в водах метрополии Второго Соединения и отложенный на неопределенное время срок готовности авианосных сил при надвигающемся кризисе вынудили японцев включить свои авианосцы, практически лишенные самолетов, в состав группы отвлечения или, попросту говоря, группы приманки. 20 октября так называемые “Главные Силы” вице-адмирала Одзавы - 4 авианосца с авиагруппами не полного состава (всего они имели 80 истребителей, 29 бомбардировщика 8 торпедоносцев и 7 пикировщиков), 2 линкора-авианосца с совершенно пустыми ангарами, 3 легких крейсера и 9 эсминцев - вышли из Внутреннего моря и направились на юг с последней миссией: пожертвовать собой для отвлечения быстроходных авианосцев и линкоров увлекающегося Хелси, чтобы остальные японские соединения смогли атаковать флот вторжения в заливе Лейте. Предполагалось, что атака состоится 22 октября, но проблемы материально- технического характера, снабжения топливом Второго Ударного Соединения и погрузка самолетов на авианосцы вызвали ряд задержек. И 21 октября адмирал Тойода назначил день атаки на 25-е.