По возвращении на Русь Антоний обошел здешние монастыри (по-видимому, те самые, о которых восторженно писа киевский летописец), но не удовольствовался существовавшими в них порядками и поселился в берестовской пещерке, к тому времени уже оставленной Илларионом. Именно здесь он и постарался воплотить в жизнь те идеалы монашества, с которыми познакомился на Святой Горе. «И стал Антоний жить т, молясь Богу, питаясь хлебом сухим, и то через день, и воды испивая в меру, копая пещеру и не давая себе покоя днем и ночью, пребывая в трудах, в бдении и молитвах». Вскоре к нему присоединились и другие подвижники, среди которых можно назвать уже известного нам Моисея Угрина (как мы помним, также связанного с афонской монастырской традицией) и будущих печерских игуменов Никона и Феодосия. Позднее, уже при князе Изяславе Ярославиче в Антониевых пещерах поселяются сын боярина Иоанна Варлаам, ставший позднее первым игуменом Печерского монастыря, а затем переведенный князем Изяславом в игумены основанного им Дмитровского монастыря, княжеский «каженник» скопец Ефрем, будущий митрополит Переяславский, и другие. Так было положено начало самому крупному и самому прославленному монастырю древней Руси, получившему название Киево-Печерского. При Изяславе же монастырь вышел на поверхность: киевский князь даровал ему землю на берестовской горе, а позднее была построена церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, получившая название «Великой».
Антоний отказался стать игуменом созданной им обители. Летопись особо подчеркивает его любовь к затворничеству, уединению даже от братии. Сразу же после поставления первого печерского игумена Варлаама (это случилось в княжение Изяслава Ярославича, ранее 1062 года) Атоний выкопал себе новую, потаенную пещеру и стал жить в ней; братия же приходили к нему за советом и благословением при принятии каких-то важных решений, касавшихся монастырской жизни. Впрочем, Антоний, кажется, не чужд был и политических страстей, бушевавших за стенами обители; ему дважды приходилось вступать в конфликт с княжеской властью, а в 1069 году преподобный даже вынужден был на время покинуть Киев и, спасалась от гнева того же Изяслава, переселиться в Черниговскую область, где на Болдиных горах близ Чернигова он основа новый Богородицкий монастырь. Умер Атоний около 1073 года, причем мощи его впоследствии так и не были обретены. В домонгольской Руси существовало его пространное Житие, неизвестно когда и кем написанное (ссылки на него имеются в Патерике Киево-Печерского монастыря). Однако широкого распространения в древнерусской книжности - в отличие от Жития ученика Атония преподобного Феодосия - оно не получило и уже к X веку оказалось утеряно. А между тем роль подлинного основателя Печерской обители в духовной жизни Руси трудно переоценить.
Преподобный Антоний привнес в русскую духовную культуру неведомое ей до этого влияние восточного монашества. Основанный им монастырь с самого начала отличался от других - и более строгими порядками, и исключительными подвигами братии. Рассказы о первых печерских подвижниках (они составляют Киево-Печерский патерик) наполнены описаниями их жестокой борьбы с искушениями плоти. Монахи годами жили в пещерах, на хлебе с водой, облачались во власяницы из сырых козьих кож, сносили лютую стужу, живыми закапывали себя в землю, некоторые даже подвергали себя добровольному оскоплению - в принципе, решительно осуждаемому Церковью. В этот, начальный период развития русского христианства нащупывались различные пути к пониманию истинной сущности нового учения. Путь обретения спасения и вечной жизни, предложенный Антонием - через физическое страдание и внешнее самоотречение, - был тяжек, почти неосуществим, но он поразил воображение русских людей и поднял авторитет основанного им монастыря на недосягаемую высоту. К тому же Печерский монастырь возник совершенно независимо от княжеской власти, что было совсем не обычно для того времени, когда большинство русских обителей основывалось князьями. «Многие ведь монастыри от князей, и от бояр, и от богатства поставлены, - писал по этому поводу летописец-печерянин, - но не суть таковы, какие поставлены слезами, поощрением, молитвой, бдением. Антоний ведь не имел ни злата, ни сребра, но добился всего слезами и прощением»41. Все это позволило печерским игуменам со временем претендовать на нравственное руководство русским обществом и принесло монастырю славу первого истинно православного на Руси. Уже со второй половины XI века монастырь становится настоящим рассадником святости и поставщиком епископских кадров для молодой Русской церкви. К 20-м годам XIII века, по подсчетам епископа Владимиро-Суздальского Симона (также печерского Постриженника), насчитывалось уже около пятидесяти русских епископов, вышедших из стен Печерской обители.