Мать первая летом 1943 г. вернулась в Москву и стала через знакомых добиваться перевода туда любимого человека. Михаил Антонович приехал в Москву, которую с тех пор не покидал, в ноябре 1943 г. Трудностей поначалу было много. Прежняя жена не давала развода. Отец Зинаиды Владимировны долго не принимал женатого зятя и в первый раз не пустил его в квартиру, отношения нормализовались лишь с появлением внука. Московской прописки не было, сначала не было прописки вообще, потом первая жена временно прописала его в Быкове, а в квартире тестя на Конюшковской улице удалось легализоваться лишь после войны. Из-за отсутствия прописки не сразу удалось и устроиться на постоянную работу. Лишь с осени 1944 г. Михаил Антонович начал преподавать в Высшей партийной школе, где уже работала Зинаида Владимировна. Там он стал заместителем заведующего кафедрой всеобщей истории.
Хотелось заниматься наукой, но опять не всегда это получалось. Выговор давно был снят, но хорошая анкета (член партии, русский, из крестьян) скорее мешала научным занятиям: приходилось исполнять то одни, то другие поручения. Сначала четыре года преподавания провинциальным, часто малограмотным партийным работникам и поездки по стране для приема экзаменов у заочников. И здесь сохранились письма, иногда с любопытными деталями из жизни страны тех лет. Мне как лингвисту запомнился фрагмент его письма жене из Калининграда от 26 декабря 1946 г.: «Русский и немец бойко торгуют; каждый из них говорит на своем языке, но друг друга понимают. Вообще же здесь складывается какой-то рязанско-прусский язык, – немцы в разговоре между собою пересыпают свою речь русскими словами, а русский, говоря с русским, то и дело прибавляет – ну, gut; bitte и т. д. Или – запрашивать fűnf hundert рублей, это, братец ты мой, очуметь можно. Или: Курносая, wieviel kostet твое барахло? Кипящий котел, где сплавляются две культуры, – это рынок».
Долго не было времени на диссертацию. Михаил Антонович страдал из-за того, что жена, несмотря на рождение сына, уже стала кандидатом, а он еще нет. Впоследствии она все время его обгоняла: раньше стала и доктором наук, с 50-х гг. почти всегда зарабатывала больше его, а потом (в 1976 г.) мать достигла высоты, до которой отец не добрался, будучи избрана членом-корреспондентом Академии наук. Все это плохо согласовывалось с воззрениями на роль женщины, усвоенными в Сибилёве, и создавало душевный дискомфорт. Чувствовал он и то, что его жена была в научных кругах своей, а в нем многие интеллигенты в нескольких поколениях видели выходца из деревни. Он уважал своего учителя Е. А. Косминского, но ощущал его высокомерие и отношение к нему как к человеку «не своего круга». Если мать дружила с Косминским до его смерти, то отец после защиты диссертации, которую писал самостоятельно, никогда больше с ним не поддерживал отношений.
Чтобы завершить диссертацию, отец на несколько месяцев добился освобождения от преподавания и прикрепился к аспирантуре Академии общественных наук при ЦК. Там он в декабре 1947 г. в 44 года защитил диссертацию на тему «Политические идеи французской буржуазной историографии XIX в.», через два года вышла одноименная книга, ставшая первой книгой Михаила Антоновича (переведена на польский язык). Основными авторами, рассмотренными в книге, были А. Токвиль и Н. Д. Фюстель де Куланж. В духе времени они рассмотрены весьма критично, для него это были идейные противники, но противники серьезные и заслуживающие уважения. На всю жизнь ему запомнилось высказывание Токвиля о том, что дворянин не выбросит на улицу старого слугу, а фабрикант без зазрения совести выбрасывает на улицу рабочих, он его часто повторял и даже вставил в роман «Горели костры». Уже в 90-е гг. появилась статья о советской историографии Токвиля и Фюстеля де Куланжа, которых теперь уже стало принято почитать; идеи книги Алпатова в статье осуждались, но она была признана талантливой в литературном отношении. Отец никогда от идей этой книги не отказывался. Уже в 1959 г. ему пришлось ненадолго вернуться к этим сюжетам: ему вдруг велели срочно написать для «инстанций» справку о том, кто такой Токвиль. Оказывается, президент США Д. Эйэенхауэр в одной из речей, критикуя отсутствие демократии в СССР, вспомнил определения демократии у этого историка, признанные на Западе классическими. Н. С. Хрущев решил ответить президенту, а поскольку отец чуть ли не единственным у нас всерьез писал о Токвиле, то он должен был писать справку, где повторил выводы своей диссертации. Все это потом было озвучено Хрущевым.