В 1821 г., когда греки Пелопоннеса восстали против османского владычества, мусульмане вновь выступили против христиан и атаковали патриархат греческой православной церкви, хотя
Но в 1831 г. Иерусалим перешел под власть более сильного правителя. Османский военачальник, выходец из албанских тюрок Мухаммед Али-паша, который разгромил армию Наполеона в Египте, после ухода французов сделался там правителем, фактически независимым от Стамбула. Он вынашивал планы по превращению страны в современное государство западного образца – жестко централизованное и обеспечивающее равенство всех граждан перед законом независимо от расовой и конфессиональной принадлежности, – модернизировал армию и к ноябрю 1831 г. уже обладал достаточной силой, чтобы вторгнуться в Палестину и Сирию и захватить эти провинции Османской империи. Это был поворотный момент в истории Иерусалима. Мухаммед Али контролировал Сирию и Палестину до 1840 г. За эти девять лет он успел воплотить в жизнь ряд своих модернистских идей, в результате чего жизнь Иерусалима кардинально изменилась. Сын Мухаммеда Али, Ибрагим-паша, назначенный правителем, сумел обуздать разбойников-бедуинов и пригрозил призвать их в египетскую армию. Он также ввел светскую судебную систему, которая фактически лишила полномочий шариатский суд.
Естественно, эти реформы столкнулись с противодействием – знатные семейства Иерусалима и местные сановники опасались утратить приобретенные за много лет независимость и привилегии. В 1834 г. взбунтовались вся Палестина и часть Трансиордании. На пять дней повстанцы завладели Иерусалимом, и в течение этого времени они врывались на улицы, громя и грабя лавки
Они тотчас же воспользовались этим правом. В 1834 г. многие христианские монастыри пострадали от подземных толчков, и монахам удалось сразу же их отремонтировать. Францисканцы, кроме того, восстановили монастырь Святого Спасителя, сильно поврежденный при последних смутах. С годами он разросся в огромный комплекс. Монахи теперь еженедельно раздавали пропитание примерно восьми сотням христиан и мусульман. Они же первыми организовали школу для детей христиан-арабов. В ней обучались чтению и письму на арабском, латинском и итальянском 52 мальчика из арабских семей, принявших католицизм; арифметика и естествознание в те годы еще не преподавались. Действовала также швейная школа для арабских девочек. В 1839 г. францисканцы сумели расширить свои владения в Иерусалиме, выстроив новый монастырь в мусульманском квартале Безета, все еще малонаселенном. Возведенная ими церковь Бичевания стала одной из первых христианских построек на Виа Долороза, которая за XIX в. постепенно сделалась новой христианской улицей.