Несмотря на то что египетские базы ВВС ожидали израильского удара, он оказался внезапным, так как был нанесен не на рассвете, когда обычно проводятся такие операции, а в более позднее время утра. Бдительность на египетских базах была несколько ослаблена, патрульные самолеты были сняты с дежурства, а большинство пилотов находилось в столовой. Первая волна ударов была нанесена по взлетным полосам, что делало практически невозможным взлет самолетов, а также посадку самолетов, находящихся в небе. Израильские самолеты атаковали авиабазы на египетской территории, проникнув в Египет с запада и севера со стороны Средиземного моря, в то время как египетские радары в основном просматривали территорию к северо-востоку и востоку, предполагая, что израильские самолеты могут атаковать только со стороны израильской границы. Кроме того, израильские самолеты летели на предельно малой высоте, недоступной для египетских радаров, и соблюдали полное радиомолчание.
То, что израильские самолеты атаковали с неожиданного северо-западного направления, позже дало президенту Насеру основание для обвинений ВВС западных стран в помощи Израилю в ходе войны. В частности, он заявил, что в нападении участвовали ВВС Шестого флота США.
Израильская атака была очень точно скоординирована. Израильские самолеты, разных типов и вылетевшие с разных баз, атаковали египетские аэродромы, находящиеся в различных частях Египта, практически одновременно.
В день израильского нападения египетские ПВО получили приказ не стрелять по пролетающим военным самолетам, поскольку существовало опасение, что может быть сбит самолет с египетским военным командованием, отправившимся в это утро для инспекции позиций на Синае. Этот приказ усилил замешательство египтян во время израильской атаки.
Примерно в 11 часов утра Израиль стал подвергаться налетам со стороны ВВС Сирии и Иордании. В 11:50 по объектам на территории Израиля нанесли удар 16 иорданских самолетов, в результате чего был убит один и ранено семь мирных жителей, уничтожен 1 самолет на земле. В результате ответного израильского авиаудара по базам ВВС этих стран в 12:45 были уничтожены все ВВС Иордании — 28 самолетов и около половины ВВС Сирии — 53 самолета, а также 10 иракских самолетов. В Ливане в ходе авианалета был уничтожен пассажирский самолет DC-7 иорданских авиалиний.
Разгром ВВС противника в первый же день войны позволил израильским ВВС добиться почти полного господства в воздухе. Практически не встречающие сопротивления бомбардировки арабских колонн и позиций израильскими ВВС, в том числе с применением напалма, были важнейшим фактором деморализации и коллапса египетской, сирийской и иорданской армий.
Утром 5 июня, в день начала войны, пресс-служба армии Израиля заявила, что с ранних часов утра израильская армия вступила в бой с египетской армией, которая начала «продвижение в сторону Израиля».
Всего к концу войны израильтяне уничтожили около 450 самолетов противника, из них 70 в ходе воздушных боев, а остальные на земле. Сам Израиль потерял 50 самолетов, среди них 6 учебных самолетов Fouga СМ.170 Magister.
Операции на Синайском фронте.