Прекращение огня вступило в силу в 19:30. В общей сумме арабы потеряли от 15 000 или более убитых, израильтяне 800–1000 убитых.
По различным данным, Израиль потерял в этой войне убитыми 779 человек (по данным израильского МИД — 776 человек). Из них 338 погибло на синайском фронте, 300 — на иорданском (включая 183 в битве за Иерусалим) и 141 — на сирийском, по другим данным, общие безвозвратные потери составили 983 человека. В ходе боевых действий было выведено из строя 394 израильских танка из 1093 задействованных.
Со стороны арабских стран, принимавших участие в боевых действиях потери были следующими:
Египет — 11 500 погибших (по некоторым оценкам — до 15 тыс.), 20 000 раненых, 5500 пленных.
Иордания — 696 погибших, 421 раненый, 2000 пропавших без вести. Потеряно 179 танков, 53 БТР, 1062 орудия, 3166 автомашин и около 20 000 единиц стрелкового оружия. 7000 тонн боеприпасов достались израильтянам в качестве трофеев.
Сирия — от 1000 до 2500 погибших, 5000 раненых.
Ирак — 10 погибших, 30 раненых.
Потери были и в других странах.
США и Великобритания не принимали участие в конфликте, хотя пострадали от действий Израиля. Израильтянами был выведен из строя, точнее, уничтожен, так как он был списан после этого, боевой корабль ВМС США USS Liberty, убито 34 и ранено 173 американца, также израильской авиацией был уничтожен самолет Devon C1 Королевских ВВС Великобритании в иорданском международном аэропорту Амман. По заявлениям академической прессы Стэнфордского университета, 35 советских военных специалистов в Египте и Сирии погибли в конфликте, в основном при бомбардировках израильских ВВС. В советских и российских источниках эта информация не подтверждается, в опубликованном в 2002 году полном списке потерь советских военнослужащих в Египте первые потери произошли лишь 17 июня 1967 года, то есть уже после окончания войны.
В этой войне Израиль в считаные дни достиг победы, захватив Синайский полуостров, Сектор Газа, Западный берег реки Иордан, Восточный Иерусалим и Голанские высоты. Зеленая черта 1949 года стала административной границей между Израилем и новыми территориями.
28 июня 1967 года распоряжением правительства Израиля израильская юрисдикция и муниципальные границы Иерусалима были распространены на иорданский (восточный) сектор Иерусалима и прилегающие к нему части Западного берега. Источники и политики того времени расходились во мнениях, являлась ли эта акция официальной аннексией или нет. Однозначная официальная аннексия Восточного Иерусалима Израилем произошла 30 ноября 1980 года, когда был принят Закон об Иерусалиме, объявляющий Восточный Иерусалим суверенной территорией Израиля, а весь город — его «единой и неделимой столицей».
В общей сложности Израиль получил контроль над территорией, в 3,5 раза превосходящей его довоенную площадь.
Дипломатия Шестидневной войны была следующей.
9 июня — в Москве проходит совещание руководителей правящих партий и правительств Болгарии, Венгрии, ГДР, Польши, Румынии, СССР, Чехословакии и Югославии.
В своем обращении к нации президент ОАР Насер заявил о своей отставке и обвинил страны Запада в том, что их ВВС тайно воевали на стороне Израиля. После массовых демонстраций в его поддержку Насер остался на своем посту.
10 июня — Болгария, Венгрия, Польша, СССР, Чехословакия, Югославия разрывают дипломатические отношения с Израилем (Румыния воздержалась от такого шага, а ГДР не имела с Израилем дипломатических отношений).
17 июня — 21 июля — в Нью-Йорке проходила 5-я чрезвычайная специальная сессия Генеральной Ассамблеи ООН, созванная по предложению СССР. Ни один из трех проектов резолюции по поводу арабо-израильского конфликта не был принят. Согласно А. А. Громыко, главной причиной этого стали:
1) Категорический отказ всех арабских делегаций пойти на принятие любой формулировки, призывающей к прекращению состояния войны между арабами и Израилем.
2) Категорический отказ США и стран, которые их поддерживают, пойти на принятие решения о выводе войск без одновременного призыва Ассамблеи к прекращению состояния войны.