К тому же осаде подвергся католический кафедральный собор в пекинском районе Бейтан, где нашли прибежище почти 4 тысячи иноземных и китайских христиан. Здесь Цыси приказала руководителю осады великому князю Дуаню «воздержаться от применения пушек и стрелкового оружия». Таким образом, когда ихэтуани с их примитивным вооружением предпринимали попытки штурма прочного строения собора, обороняемого с применением современных видов оружия, они валились, что называется, штабелями. По мере того как запасы продовольствия в кафедральном соборе истощалось, на вылазки за провиантом отправлялись поисковые группы. Когда Цыси узнала об этом, она сначала отдала устный приказ «войскам расстреливать их»; но потом передумала и выпустила такой указ: «Когда христианские новообращенные будут выходить наружу, вред им причинять запрещаю и приказываю направлять подразделения для их охранения». Однако многие христиане предпочли голодную смерть внутри собора. На них пришлось большинство из 400 жертв, погибших в этой осаде.
Цыси, осуществляя невнятную политику в отношении ихэтуаней, послала многих из них на верную смерть, и в то же время она спасла практически всех иностранцев, оказавшихся в китайской западне, но выживших среди толп убийц и насильников.
В ряде областей Китая регистрировались случаи, когда миссионеров и новообращенных убивали по указке властей. Самыми ужасными зверствами отличились жители провинции Шаньси. Губернатора Юйсяня перевели туда из провинции Шаньдун потому, что Цыси считала его слишком пылким сторонником ихэтуаней, а в Шаньси они не прижились. Отношения между обитателями миссий, властями Шаньси и населением по большому счету можно было назвать миролюбивыми. Однако Юйсянь привез с собой ненависть к Западу. Используя главным образом солдат, он лишил жизни 178 миссионеров и тысячи китайских новообращенных, причем подчас самым изуверским методом. Одного священника – монсеньора Хамера – «три дня водили по улицам То-То, и любой мог издеваться над ним по собственному усмотрению. У него вырвали все волосы, а также отрезали пальцы, нос и уши. После этого они завернули его в тряпье, пропитанное маслом, и, подвесив вниз головой, подожгли ноги. Его сердце съели двое попрошаек».
С большим опозданием Цыси все-таки остановила зверства Юйсяня. Она к тому же запретила резню в масштабе страны, предложенную кое-кем из вельмож, в том числе отцом ее покойной невестки по имени Чунци. Определенно именно этот человек заставил свою дочь извести себя голодом до смерти после кончины ее мужа, и он же в скором времени покончит с собой (точно так же поступят остальные его родственники), когда Пекин сдадут иностранцам. Он и еще несколько вельмож обратились к Цыси с прошением издать «указ с призывом ко всему населению страны, чтобы каждый простой подданный мог убивать иностранца, когда тот попадался ему на глаза». Свою просьбу они обосновали так: «Народ почувствует, что может отомстить за свои обиды, копившиеся с давних времен… На протяжении десятилетий иностранцы травили их [опиумом], притесняли новообращенные христиане и подавляли чиновники, как крупные, так и мелкие, принимавшие в отношении их пристрастные решения – и им некуда было обратиться за справедливостью. Как только станет известно об этом указе, народ почувствует такую радость и благодарность престолу, что все подданные возьмутся за оружие, чтобы воевать с захватчиками. Землю Китая в конечном счете очистят от чужаков, а наш народ освободится от скорби».
Текст этого обращения Цыси оставила у себя и никакого указа на его основе не выпустила.
Неразбериха с «боксерами» при Цыси вызвала у всех ужас и послужила яблоком раздора между ее старыми единомышленниками, особенно Ли Хунчжаном и Чжан Чжидуном. В своем обращении они попытались ее упрекнуть: «Если вы и дальше будете вести себя в подобной своенравной манере и заботиться исключительно о том, как бы дать выход своему недовольству, тогда вы погубите нашу страну. В какую бездну вы собираетесь ее ввергнуть, дабы утешить свое самолюбие?» Они указали на то, что Цыси отказывается от каких-либо предпочтений в пользу ихэтуаней: «Такое громадное их число погибло, а их тела лежат не погребенными в полях. Любой человек почувствовал бы жалость к ним за их глупость». Кроме того, из-за засухи, а также с появлением там ихэтуаней север Китая теперь превратился в «территорию скорбного запустения». Произошло это перед тем, как вдовствующая императрица обратила свое внимание на жизнь подданных.