Нет ничего удивительного в том, что зверства усташей заставили сербов, живших в Независимом государстве Хорватия, взяться за оружие и уйти в ряды монархистов-четников и партизан Тито (см. далее). Вскоре новоявленное государство было разорвано на части внутренними раздорами, и усташи, несмотря на все их свирепые усилия, так и не смогли полностью сохранить контроль над всей страной. Их жестокость потрясла даже многих суровых немецких офицеров, включая генерала Эдмунда Глайзе фон Хорстенау, командующего силами вермахта в Хорватии, который завалил Берлин донесениями о зверствах усташей, «этой мерзкой банды убийц и преступников». В июле 1941 года он сообщил в Берлин: «Согласно достоверным донесениям многочисленных немецких военных и гражданских наблюдателей, в последние недели в городах и деревнях усташи просто обезумели». Хорстенау также сообщал о следующем: «Мы нигде не заметили следов пребывания партизан, но повсюду можно было видеть много бесхозного скота и лошадей, не говоря уже о домашней птице. В селении Црвени-Бок усташами было убито 500 местных жителей в возрасте от 15 до 20 лет. Многие женщины были изнасилованы и затем подвергнуты пыткам, а дети убиты. В реке Сава я видел труп женщины с выколотыми глазами и засунутой в половые органы палкой. Ей было не более 20 лет, когда она попала в руки этих чудовищ. Повсеместно можно видеть свиней, пожирающих тела мертвых людей. Все дома разграблены. Те местные жители, кому посчастливилось остаться в живых, загнаны в товарные вагоны. Многие из них в дороге перерезали себе вены».
Хорватский орден за доблесть в виде креста. В центре креста видна буква U (усташи), крепился к планке в красно-белую клетку (цвета национального герба Хорватии). Ленточка того же цвета
На Восточном фронте воевали и хорватские летчики. Это нашивка хорватского авиационного легиона, которую получали пилоты, отличившиеся в боях с Красной армией. В конечном итоге эта часть была выведена из России и воевала с партизанами на территории Хорватии
Муссолини вскоре обратил оружие против бывшего протеже и приказал своей армии вновь оккупировать Герцоговину, родину многих усташских командиров. Считается, что за четыре года существования Независимого государства Хорватия было убито 30 тысяч евреев, 29 тысяч цыган и 600 тысяч сербов – то есть одна треть довоенного населения на этой территории.
В Сербии было сформировано новое прогерманское правительство, которое возглавил Милан Асимович, которого затем сменил министр обороны генерал Милан Недич, правивший страной до 1945 года. Недич поддерживал Гитлера и встречался с ним в 1943 году. Новое правительство немедленно построило 160 три концентрационных лагеря для евреев, цыган и политических противников режима. Недич создал свои собственные военизированные формирования, Сербскую государственную стражу, насчитывавшую около 20 тысяч человек. В нее входили члены сербских полицейских частей, созданных при короле Александре и регенте Павле. Четники были сербские партизаны-националисты, получившие название от нерегулярных войск, которые в XIX веке сражались против турок. Наибольшую известность в годы войны получили четники Дражи Михайловича, контролировавшие западные районы Сербии.
После расчленения Югославии одна часть четников присягнула новому сербскому прогерманскому правительству. Другая осталась лояльна своему довоенному руководителю Коста Печаначу, который открыто сотрудничал с немцами. Третья часть четников следовала курсом сербского фашиста Димитрие Льотича. Отряды Льотича более всех в Сербии виновны в охоте на евреев, цыган и партизан, которых они или уничтожали, или бросали в концлагеря. В августе 1942 года правительство Сербии с гордостью объявило о том, что Белград стал первым городом нового нацистского порядка, «свободным от евреев». Из 12 тысяч белградских евреев войну пережили лишь 1115 человек. Всего за 1941–1945 годы было уничтожено 95 процентов еврейского населения Сербии. Остальные четники поддерживали Михайловича, 48-летнего армейского офицера-монархиста, известного связями с Британией. В начале войны он оказал сопротивление немецким войскам, но в то же самое время сотрудничал с итальянцами.
Хотя Михайлович постоянно пытался убедить англичан в том, что наносит огромный урон немцам, фактически он сотрудничал с немцами и итальянцами, ведя бои с усташами и партизанами. Михайлович утверждал, что его отряды насчитывали 300 тысяч человек, однако в действительности их численность вряд ли превышала 30 тысяч человек. Поначалу англичане считали его важной фигурой югославского Сопротивления, но в конечном итоге стали поддерживать партизан Тито.