• отдел № 5 (С. Рашков) — проектирование управляемых зенитных ракет среднего радиуса действия;
• отдел № 6 (П. Костин) — проектирование неуправляемых твёрдотопливных и жидкостных зенитных ракет;
• отдел № 8 (Н. Уманский) — проектирование ЖРД для зенитных ракет на высококипящих окислителях с испытательной станцией и экспериментальным цехом;
• отдел № 9 (А. Исаев) — проектирование ЖРД для зенитных ракет.
Блок научных отделов находился в ведении главного инженера Победоносцева и включал следующие структуры:
• отдел М (материаловедение, начальник В. Иорданский);
• отдел П (прочность, В. Панферов);
• отдел А (аэродинамика и газодинамика, Х.Рахматулин);
• отдел И (испытания, П. Цыбин);
• отдел У (системы управления, Б. Черток). Практически каждый из этих отделов имел самостоятельную производственную базу. Так, при отделе У существовал опытный цех, специализированное конструкторское бюро и ряд лабораторий.
Понятно, что административная структура НИИ-88 была перетяжелена и с трудом могла управляться в реальном времени (на заседании партхозактива в декабре 1947 года присутствовало более 1000 человек). В результате большую роль в организации работ играли субъективные факторы: напористость и связи С. Королёва, статус заместителя главного инженера Б. Чертока.
В 1950 году НИИ-88 был преобразован. СКБ разделили на два особых конструкторских бюро: ОКБ-1 С. Королёва, созданное на базе третьего отдела, и ОКБ-2 Тритко, интегрирующее все остальные направления деятельности бывшего СКБ. С. Королёв реорганизовал попавшие в его подчинение отделы и довольно быстро сформировал полноценную конструкторскую организационную структуру. Уже в 1952 году в НИИ-88 возник и быстро принял институциональную форму конфликт между С. Королёвым и неожиданно назначенным директором института М. Янгелем: институт для ОКБ-1 или ОКБ-1 для института? С. Королёв, естественно, отстаивал и отстоял первую версию.
К началу 1953 года в состав ОКБ-1 входило более 1000 человек, 14 августа 1956 года специальным постановлением ОКБ-1 было выделено в самостоятельную организацию.
Согласно этому постановлению, ОКБ-1 передавался опытный завод-88, директор завода Р. Турков получил статут первого заместителя С. Королёва. Первым заместителем С. Королёва по проектно-конструкторским разработкам остался В. Мишин, группу проектных отделов возглавил К. Бушуев, конструкторские отделы — С. Охапкин, отделы испытаний — Л. Воскресенский, наземный комплекс — А. Абрамов, отделы двигательных установок — М. Мельников.