Мухаммед, полностью раздавленный поражением, сначала наблюдал за вторжением монголов из Самарканда, но, боясь за собственную безопасность, бежал в Балх, намереваясь в первую очередь переправиться через Гиндукуш и попасть в далекий Газни. Однако он передумал и направился в Нишапур. Охваченный паникой при приближении монгольского войска к этому городу, он бежал в Казвин. В конечном счете он укрылся на острове в Каспийском море вблизи побережья провинции Мазендеран, на котором умер, оставив за собой непревзойденную репутацию труса.
Главной военной операцией монголов в 1220 г. была осада Ургенча – столицы Хорезма. Ее мужчины, которые в течение шести месяцев отбивались от врага, были все, за исключением ремесленников, перебиты. Затем победители повернули воды реки Окс на город, тем самым изменив течение реки, которая потекла по своему древнему руслу и снова понесла воды в Каспийское море.
В тот же год Чингисхан лично начал новую войну с захвата Балха, который не оказал никакого сопротивления. Однако, услышав, что храбрый сын Мухаммеда Джелал ад-Дин собирает войско в Газни, вождь монголов, следуя установившейся традиции, намеренно перебил население и разрушил город.
В тот же год сын Чингисхана Толуй захватил и уничтожил Мерв. Вот цитата из письма, написанного знаменитым арабским географом Якутом: «Нечестивые язычники [монголы] бродили среди жилищ; упорствующие грешники господствовали над жителями; и эти дворцы были стерты с лица земли, как стирают написанные строчки с бумаги; эти жилища стали местом обитания сов и ворон; в этих краях слышны лишь совы, пронзительными криками отвечающие друг другу, а в тех залах гуляет лишь ветер, завываниями перекликающийся с самумом».
Нишапур был следующим городом, который атаковали и взяли штурмом монголы. Всех живых существ, включая кошек и собак, перебили. Затем город снесли до основания, а место, на котором он стоял, засеяли ячменем. Больше на этом месте никто никогда не жил; позднее для города было выбрано другое место.
Явным контрастом презренной трусости хорезмшаха Мухаммеда была храбрость его сына Джелал ад-Дина. Тщетно он умолял отца разрешить ему защищать рубеж, проходивший по реке Окс. Позднее он пересек пустыню из Ургенча во главе трехсот воинов и нанес поражение превосходящим силам монголов у Нисы. Затем он добрался до Нишапура, прежде чем этот город был осажден. Оставшись в нем на три дня и поняв, что за ним следят монголы, он поскакал, спасая свою жизнь, в Жужан к югу от Кхафа, но ворота оказались перед ним заперты. Не останавливаясь и проезжая по сто двадцать миль в день, он наконец оторвался от своих преследователей и благополучно добрался до Газни.
Принца радушно встретил в этом городе его тесть – бывший правитель Мерва – во главе своих войск; правители Кабула и Гура тоже привели значительные подкрепления, так что вскоре Джелал ад-Дин оказался во главе армии численностью 70 тысяч человек.
Узнав об этой новой армии, сформированной в Газни, Чингисхан, который захватил Таликан и провел лето в горах провинции Кундуз, пошел на Бамиан, который оказалось захватить гораздо труднее, чем он предполагал. Тогда он отправил войско численностью около 30 тысяч монголов для нападения на Джелал ад-Дина, который стоял лагерем на расстоянии одного дневного перехода к северу от Газни. В последовавшем бою правый фланг Джелал ад-Дина, сражавшийся в пешем строю, был смят, но после подхода подкреплений он восстановился, и к ночи исход сражения был еще неясен. Утром монгольский полководец воспользовался хитрой уловкой: он приказал посадить войлочные чучела на всех свободных лошадей, чтобы враг подумал, что ночью к монголам пришло подкрепление. Афганцы пришли в уныние, но Джелал ад-Дин демонстрировал такую отвагу, что, когда он приказал трубить общее наступление, монголы потерпели поражение и понесли большие потери. К несчастью, результаты этой тяжело доставшейся победы пропали втуне из-за ссоры по поводу дележа трофеев, которая привела к тому, что некоторые вожди ушли и увели свои вооруженные отряды.
Тем временем был захвачен Бамиан, и, чтобы отомстить за смерть одного из своих внуков, Чингисхан уничтожил все живое, включая домашних животных и растения, так что это место оставалось безлюдным на протяжении века.