Конечно, Сергей Ястржембский, назначенный и. о. президента Путиным своим помощником и «ретранслятором» официальной позиции по Чечне, не представлял собственной позиции в деле Бабицкого. Однако периодические комментарии Ястржембского тем не менее и журналисты, и аналитики расценивали как «не договоренное Путиным». Помощника и. о. президента журналисты наградили в связи с этим большим количеством прозвищ, самые корректные из них — «главный информбоец чеченского фронта» и «печатный пряник».
Первые официальные комментарии Ястржембского по делу Бабицкого, зафиксированные государственными агентствами, относятся к 26 января: «корреспондент Радио «Свобода» Бабицкий пропал без вести в районе Грозного». Другая его фраза в отношении Бабицкого может поразить юристов, но не чиновников: «У меня есть два варианта развития событий».
29 января Ястржембский заявил, что узнал о задержании журналиста из сообщений средств массовой информации. «До этого момента о местонахождении Бабицкого никакими сведениями не располагал», — подчеркнул Ястржембский. В интервью телекомпании ОРТ он подчеркнул, что вопрос о судьбе корреспондента РС Бабицкого находится под контролем федеральных властей и уже к понедельнику они будут располагать всеми подробностями этого дела. По словам Ястржембского, уже сейчас ясно, что у журналиста не было в момент задержания необходимой согласно принятому порядку аккредитации. Помощник и. о. президента считает, что по этому случаю нельзя судить о «закрытии окна возможности» для освещения событий в Чечне.
31 января Ястржембский сообщил журналистам, что в ходе поездки Владимир Устинов в том числе познакомится на месте с делом корреспондента Бабицкого, задержанного в Чечне. Возможно, будет принято решение о дальнейших действиях в отношении журналиста, сказал Ястржембский.
1 февраля на своем брифинге Ястржембский заявил, что «задержанному в Чечне журналисту Радио «Свобода» Андрею Бабицкому было предоставлено право пригласить адвоката, а в понедельник он смог воспользоваться услугами окулиста».
2 февраля Ястржембский докладывал журналистам о встрече Путина с Мадлен Олбрайт, и, отвечая на вопрос о судьбе Бабицкого, и обсуждался ли он сегодня, Ястржембский отметил, что эта тема на встрече в Кремле не рассматривалась. Он не согласился с заявлением Уполномоченного по правам человека в РФ Олега Миронова, в котором высказывалась критика в адрес властей из-за «гонений на журналистов». В качестве примера в заявлении Миронова приводится ситуация с Бабицким. По словам помощника и. о. президента, ситуация с этим журналистом ни по одному пункту не соответствует обвинениям Миронова.
3 февраля Ястржембский сообщил об обмене Бабицкого, отметив, что инициатива по обмену на российских военнослужащих была проявлена со стороны чеченских «полевых командиров». По словам Ястржембского, «Бабицкий принял это предложение, и теперь ответственности за дальнейшую судьбу корреспондента Радио «Свобода» федеральный центр и руководство России не несут. Все это, несомненно, затруднит Бабицкому дальнейшее пребывание в статусе «независимого журналиста», каковым он выглядел до сих пор».
Ястржембский сообщил, что имеется заявление самого Бабицкого и одного из полевых командиров — Саида Усаходжаева — из отряда, ранее возглавляемого полевым командиром Исрапиловым. Ястржембский подчеркнул, что инициатива обмена исходила со стороны боевиков. Он назвал фамилии этих военнослужащих, находившихся в плену у боевиков: Заварзин, Дмитриев и Васильев. Юрий Щекочихин, заместитель главного редактора «Новой газеты», провел собственное расследование и выяснил: такого человека по имени Саид Усаходжаев не существует. («Новая газета», 7 февраля 2000 г., статья «Обменный пункт Кремля. Меняем президента, курс, журналистов на все, что угодно власти»).
7 февраля Ястржембский, отвечая на вопрос о месте нахождения Бабицкого, заявил: «Меня этот вопрос тоже крайне интересует, и мы со своей стороны предпринимаем определенные шаги для того, чтобы найти какую-то информацию».
10 февраля Ястржембский сказал, что Бабицкий жив и здоров, сославшись при этом на данные радиоперехватов. На брифинге в Москве он подчеркнул, что «существуют обстоятельства, которые по тем или иным причинам не позволяют отвечать на вопросы корреспондентов о судьбе Бабицкого. В настоящее время расследование обстоятельств обмена журналиста на российских военнослужащих, а также того, где находится корреспондент Радио «Свобода», ведет МВД». По словам Ястржембского, появились данные о машине, на которой привезли видеопленку, где Бабицкий говорит о том, что он жив.