11 февраля Ястржембский заявил, что журналист «сам выбрал то место и тех людей, с которыми он сейчас находится». «Это подтверждают документы, которые содержатся в его уголовном деле», — подчеркнул он. «Некоторые обстоятельства операции по освобождению двух российских военнослужащих, их обмена на корреспондента Радио «Свобода» Андрея Бабицкого мы держали в секрете, пока не получили еще двух офицеров — лейтенанта Александра Казанцева и капитана третьего ранга Андрея Астраницу», — подчеркнул Ястржембский. По его данным, «5 февраля эта операция и эти договоренности были выполнены до конца». «О том, что предстоит освобождение двух офицеров, мы не говорили, пока не были выполнены определенные условия», — сказал Ястржембский.
15 февраля: «опираясь на информацию, которую спецслужбы получают из радиоперехватов и агентурных источников, «Андрей Бабицкий жив и здоров».
17 февраля Ястржембский заявил, что РС использовала ситуацию со своим корреспондентом в Чечне Андреем Бабицким для «поднятия своего товарного знака». Ястржембский назвал «некорректными» большинство выступлений руководителей «Свободы» по вопросу об Бабицком. «Они грешили большим количеством дезинформации, в том числе распространяя разные небылицы вокруг Бабицкого», — сказал он в интервью газете «Московский комсомолец». По мнению помощника и. о. президента РФ, РС «давно переживает не лучшие времена» и «потребность в ее существовании уменьшалась с каждым годом». Поэтому, считает Ястржембский, руководство радиостанции использовало ситуацию с Бабицким «по максимуму, чтобы показать свою необходимость тем кругам, которые ее финансируют».
22 февраля, отвечая на вопрос о судьбе Бабицкого, Ястржембский отметил, что «пока нет никакой новой информации». Вместе с тем он опроверг появлявшуюся ранее информацию, что журналист находится в селении Дуба-Юрт. Заметив, что селение в настоящее время перешло под контроль федеральных сил, помощник и. о. президента сказал, что Бабицкий не был там обнаружен.
26 февраля, после задержания Бабицкого в Махачкале, Ястржембский официально подтвердил, что в отношении Бабицкого возбуждено уголовное дело по статье «Подделка документов» (ст. 327-1 УК РФ).
Оценок работы Ястржембского в связи с делом Бабицкого давалось много. Вот некоторые из них:
Газета «Сегодня», 1 февраля 2000 г., статья «Андрей Бабицкий стал жертвой информационной войны»:
Следующим этапом закручивания информационных «гаек» стало возвращение в администрацию Президента Сергея Ястржембского. По словам сотрудников аппарата помощника и. о. президента, Ястржембский сейчас занят тем, что пытается перекрыть каналы утечки информации из силовых структур. Правда, пока не совсем ясно, какие методы работы с журналистами будет использовать Ястржембский. Как показывает случай с тем же Бабицким, арсенал воздействия на работников СМИ достаточно широк и включает использование государственного карательного аппарата и сбор компромата на неугодных журналистов.