Однако даже пока страна процветала, находившемуся во владении короля Великому княжеству Литовскому угрожал его сосед – Русское царство. В 1558 г. царь Иван IV Грозный вторгся в Ливонию – область к северу от Литвы, и началась жестокая война, которая продлилась четверть века. В 1561 г. Тевтонский орден в Ливонии был распущен, и ее жители обратились за помощью к соседям. Большая часть Южной Ливонии была присоединена к Литве в качестве полусамостоятельного герцогства (княжества), а новые вассальные герцогства Курляндия и Семигалия перешли под защиту Польши. На севере Швеция взяла оставшуюся территорию, включив ее в состав шведской Эстонии. Наконец, через десять лет после начала войны украинские владения Великого княжества Литовского вошли в состав Королевства Польского. Отныне королевство и княжество официально оформили союз, который до сих пор был сугубо семейным. В следующем, 1569 г. в Люблине два государства официально объединились в Речь Посполитую – одно из крупнейших государств Европы своего времени.
Между тем продолжалась Ливонская война, все участники которой совершали дикие злодеяния; считается, что случалось и людоедство. В то время в ходе Реформации происходили и другие зверства: во Франции вспыхнули Религиозные войны, и в 1572 г. тысячи гугенотов погибли в печально известную Варфоломеевскую ночь. Многие протестанты, спасаясь от преследований, уехали в преимущественно лютеранский и немецкоговорящий Данциг, в котором все церкви перешли в протестантскую веру. Однако религиозную терпимость гарантировала заключенная только тремя годами ранее Люблинская уния, так что в целом во всей Речи Посполитой свободное вероисповедание оставалось в безопасности: польское крестьянство и король придерживались католичества, восток был преимущественно православным, герцогство Пруссия и Курляндия – лютеранскими, а в Ливонии жили и лютеране, и кальвинисты. Вдобавок имелись общины анабаптистов и ариан, много евреев и даже несколько мусульман.
Политический строй, установленный Люблинской унией в 1569 г., предусматривал некоторые другие меры, одна из важнейших состояла в том, что отныне и впредь монарха будет избирать исключительно
После Люблинской унии Зигмунд II прожил еще четыре года. Ранее умерла его любимая вторая жена Барбара Радзивилл, и, хотя его уговорили жениться снова, чтобы произвести на свет наследника, из-за неприязни и отвращения к новой королеве Екатерине, дочери императора Фердинанда I, Зигмунд отказался вступить с ней в связь, и пара осталась бездетной. По этой причине, когда после смерти Зигмунда прошли первые Великие выборы, число кандидатов было огромным. Предпочтя монарха, не имеющего поддержки внутри страны, а также способного получить иностранную помощь для страны в случае необходимости, сейм избрал Генриха, третьего сына вдовствующей французской королевы-католички Екатерины Медичи. Спустя несколько месяцев после приезда Генриха его старший брат Карл IX умер, и поэтому под покровом ночи Генрих уехал из Польши, чтобы вернуться домой и занять французский престол. Коронованный как Генрих III, он был убит через шестнадцать лет, став жертвой непрерывных Религиозных войн во Франции.