Попыткам ассимилировать гэльскую Ирландию, предпринимавшимся при Генрихе VIII, при его преемниках пришла на смену политика «колонизации» областей, прилегающих к зоне английского влияния, и переселения туда английских поселенцев, «новых англичан». Это упрочило позиции английской короны в Ирландии, хотя, естественно, захват земли у гэльских землевладельцев не мог повысить ее популярность. Начатая при Эдуарде VI колонизация приобрела еще больший размах при Марии. С конца 1560-х гг. английское правление приобретало все более военный характер, который привел к возобновлению попыток силой расширить сферу влияния. Местные советы были созданы в Коннахте (1569 г.) и Мунстере (1571 г.), а для подавления восстаний англичане использовали войска. Английская власть распространилась на такие отдаленные области, как Слайго, Ферманаг и Монаган. Эти области не очень-то подходили для распространения протестантства, и, с возрождением католической активности при Контрреформации, религиозные различия приобрели важное значение для Ирландии, символизируя, отражая и укрепляя политический раскол и ненависть между теми, кто выступал фактически в роли завоевателей, и покоренным населением. «Новые англичане» занимали руководящие должности и пользовались правительственной поддержкой; «старые англичане», католики, чувствовали себя обделенными и отрезанными от управления; гэлы страдали от злоупотреблений и жестокости властей. Елизавета не уделяла ирландским делам достаточного внимания, так что в Ирландии проводилась жесткая политика, которой сама королева никогда не допустила бы в Англии. Протестантская церковь не могла успешно обслуживать местное население. Оказалось сложно найти квалифицированных протестантских церковнослужителей, желающих служить в обедневшей церкви. Один чиновник в 1607 г. сообщал, что духовенство Кашельского архиепископства «более пригодны, чтобы пасти свиней, чем служить в церкви».
Гэльское сопротивление привело к восстанию Десмонда в 1580-х гг. и достигло высшего пика в 1594 г., когда вспыхнуло крупное восстание под руководством Хью О'Нейлла, графа Тирона. О'Нейлл собрал весьма значительное по ирландским меркам войско в 10 000 человек, поднял против англичан не только северные области, но и Мунстер и стремился заручиться поддержкой католиков «старых англичан». В середине XVI в. в Ирландии в достаточно большом количестве появилось огнестрельное оружие — аркебузы, но в 1560-х гг., когда Шейн О'Нейлл пытался захватить власть над всем Ольстером, его войска все еще были вооружены традиционным оружием: топорами, луками, дротиками и мечами. Воины Хью О'Нейлла, напротив, использовали современное огнестрельное оружие — мушкеты и их разновидность аркебузы — и были вооружены так же хорошо, как и англичане. Многие до этого служили в высокопрофессиональной испанской армии, а О'Нейлл специально обучал всех своих солдат обращению с пиками и огнестрельным оружием. Лесистая и болотистая местность Ольстера как нельзя лучше подходила для ведения партизанской войны и нападениям из засад. В 1595 г. при Клонтибрете О'Нейллу удалось заманить английскую армию в ловушку. Через три года при Йеллоу-Форде другой английский отряд был разбит на марше. В 1599 г. гордый фаворит Елизаветы Роберт, граф Эссекс, не сумел нанести поражение О'Нейллу. Вследствие этого он утратил расположение королевы и впал в немилость. Обремененный долгами, потерявший свои монополии Эссекс в январе 1601 г. предпринял попытку государственного переворота с целью захватить Елизавету и уничтожить своего соперника, первого министра сэра Роберта Сесиля, сына лорда Беркли. Однако Сесиль разрушил планы заговорщиков, заговор провалился, а Эссекс был казнен. Не в последний раз ирландские события оказывали важнейшее влияние на британскую политику.