Вооруженное противостояние началось в Манчестере в июле 1642 г., а в августе Карл, никогда не участвовавший в войне, поднял свое знамя в Ноттингеме. Он пошел на Лондон, выиграл сражение при Эджхилле (23 октября), но не сумел воспользоваться плодами победы и в ноябре 1642 г. был остановлен у Тернем-Грин к западу от столицы. В качестве военачальника Карл не отличался решительностью и не сумел обратить себе на пользу неудачно складывающиеся обстоятельства. Он отступил и обустроил свою штаб-квартиру в Оксфорде. Таким образом, Карл упустил наилучшую возможность победить в войне. В 1643 г. роялисты добились значительных успехов, захватив, в частности, западные графства и взяв Бристоль, но перемирие, заключенное Карлом с ирландскими мятежниками, позволившее ему использовать войска, до тех пор находившиеся в Ирландии, было нейтрализовано Торжественной Лигой и Ковенантом между шотландцами и сторонниками английского Парламента. Роялистская армия превратилась в серьезную силу с умелыми офицерами и хорошей пехотой, и в 1644 г. у Карла еще был шанс заключить мир на приемлемых для себя условиях. Однако в январе 1644 г. в Англию вступили шотландские войска, которые, соединившись с армией Парламента под руководством сэра Томаса Ферфакса и Оливера Кромвеля, 2 июля 1644 г. при Марстон-Муре близ Йорка разгромили роялистов во главе с принцем Рупертом и герцогом Ньюкаслом. Карл потерял северную Англию.
В следующем году парламентские войска были реорганизованы вследствие создания армии нового образца — национальной армии под единым руководством Ферфак-са. Кромвель был назначен начальником кавалерии. Эта армия была более профессиональной и лучше обеспеченной, чем ранее. Ее успехи отчасти объясняются замечательной регулярностью, с которой более двух лет выплачивалось жалование. В 1645 г. парламентское войско нанесло несколько поражений роялистам — особенно чувствительное при Нейсби (14 июня). Войско Карла I начитывало всего 7600 человек по сравнению с 14-тысячной армией Ферфакса. Принц Руперт обратил в бегство кавалерию на левом фланге, но затем напал на обоз, а Кромвель на правом фланге парламентских войск разгромил кавалерию роялистов и обрушился на роялистскую пехоту в центре, которая не смогла противостоять яростной атаке. Таким образом, победу Парламенту принесла дисциплинированность кавалерии. К концу года в руках роялистов остались лишь отдельные пункты, а в мае 1646 г. Карл I сдался шотландцам. Победу Парламенту в Англии обеспечил ряд факторов, включая поддержку со стороны самых процветающих областей, помощь шотландцев, Лондона, главных портов и военного флота, и религиозный пыл части его приверженцев. Кромвель считал себя орудием Божьим, которому уготовано судьбой низвергнуть религиозную и политическую тиранию. С другой стороны, делу Парламента также нанесли определенный урон бесцветные и безуспешные полководцы, такие как граф Эссекс и граф Манчестер, а также сэр Уильям Уоллер, командовавшие войсками в 1642-1643 гг. Парламентарии вызвали враждебность населения, введя высокие налоги, а парламентская кавалерия поначалу уступала роялистской. Как и в случае с кризисом королевской власти в 1639-1640 гг., окончательное падение Карла I во многом было предопределено вмешательством шотландцев, так что вовсе неудивительно ни то, что они играли столь важную роль в политике конца 1640-х гг., ни то, что положение в Англии по-настоящему стабилизировалось лишь в начале 1650-х гг., когда власть Английской республики была насильственным путем распространена на территорию Шотландии. Династическая уния предопределила неразрывную связь исторических судеб обеих стран. Завоевание Шотландии и Ирландии Кромвелем явилось следствием унии и послужило прообразом Реставрации монархии Стюартов на всей территории Британских островов (правда, при совершенно иных обстоятельствах), так как исключило возможность успешных попыток Шотландии и Ирландии избрать собственную политическую линию, отличную от планов Англии.
Война в Уэльсе
Роялисты потерпели неудачу как в Уэльсе, так и в Шотландии. Когда разразилась гражданская война, подавляющее большинство валлийцев сохраняло лояльность. Парламент пользовался наибольшей поддержкой в Пемброкшире — английской области. Валлийское дворянство стояло на стороне роялистов, а городское население было слишком невелико, чтобы пуританство и Парламент смогли найти в нем надежную опору. Уэльс дал Карлу I много людей и денег, а валлийские войска, особенно пехота, сыграли важную роль как в действиях против близлежащих целей, например, Глостера, который они безуспешно осаждали в 1643 г., так и в других областях страны.
Падение соседних роялистских оплотов — Шрусбери, Бристоля и Честера — между февралем 1645 и февралем 1646 г. значительно ослабило позиции роялистов в самом Уэльсе, и осенью 1645 г. южный Уэльс оказался во власти сторонников Парламента. У роялистов оставались замки, но они пали под давлением превосходящих парламентских сил. В марте 1647 г. сдался Харлех.
Война в Шотландии