Эти события повлияли на внутреннюю стабильность Спарты и ее лидерство в Спартанском союзе. Согласно спартанским установлениям, система двойного царствования уравновешивалась институтом эфоров. Когда царские семейства утратили свой престиж, а трон перешел к малолетним Плистарху и Архидаму, власть эфората возросла, и политика Спарты стала менее авантюристической. В то же время Герусия освободилась от влияния царей и взяла в свои руки контроль над государством. Ее члены, которым было не менее 60 лет (кроме юных царей), в отношении к спартанским институтам стояли на консервативной точке зрения и старались подавить всякий индивидуализм, порожденный службой за границей. Результатом явилось ужесточение спартанской системы, усилившееся притеснение периэков и илотов и пресечение либеральных тенденций, заносившихся из-за границы вместе с торговлей и искусством. Как лидер Спартанского союза, Спарта проявляла гегемонию в более авторитарной форме, чем в роли вождя Общегреческого союза. В ходе войны члены Спартанского союза составляли большинство в Общегреческом союзе, имея больше возможностей отказаться от лидерства Спарты и заметить недостатки ее руководства. В первую очередь бросалось в глаза, что Спарта поддалась нажиму Афин и согласилась на Саламинское сражение и Беотийскую кампанию тогда, когда пелопоннесские члены Спартанского союза предпочли бы оборонять Пелопоннес. Спартанские вожди подверглись унижениям; Фемистокл перехитрил ее правительство; возникла новая грозная сила в лице Афин и ее союза. Даже сам успех Спарты в защите общегреческого дела повредил интересам Эгины, Коринфа и Фив и вызвал недовольство в Элиде и Мантинее, которые с опозданием отправили свои войска на Платейскую битву.
В 478 г. Спарта уступила ведение дел в северной Греции и Эгейском море Афинам. Вероятно, в 475 г. Герусия и народное собрание обсудили будущее своих взаимоотношений с Афинами. В обоих органах многие высказывались за войну с целью ниспровержения Афин и восстановления Спарты в роли морского лидера Общегреческого союза. Но член Герусии Этемарид отговорил спартанцев от такого решения, сказав, что Спарте не пристало демонстрировать морскую мощь. Он был, безусловно, прав в том смысле, что морское владычество несовместимо с традиционными спартанскими институтами. В итоге начался период двойного лидерства, когда Спарта и Афины, возглавляя собственные союзы, сами являлись союзниками (homaikhmia) и в греческом мире наблюдалось равновесие сил.
Союз Спарты и Афин осуществлялся в рамках Общегреческого союза, принципам которого оба полиса сохраняли верность. Когда Павсаний бежал из Византия в троадские Колоны и начал интриги с Персией, вероятно, именно Афины сообщили о его деятельности в Спарту, после чего эфоры отозвали его и посадили в тюрьму. Павсаний организовал свое освобождение, а затем пожелал предстать перед судом, но у эфоров отсутствовали неопровержимые доказательства, хотя осведомители и сообщали, что он готовит восстание илотов. Наконец, слуга Павсания, которому тот доверил письмо к великому царю, отправился к эфорам и передал им письмо. Тогда эфоры подстроили разговор Павсания со слугой, подслушали его и получили доказательства его виновности. Когда они явились арестовать его, он бежал в храм Афины Меднодомной. Его заперли там, оставив умирать от голода. Но перед самой смертью эфоры выволокли его из храма. За такое святотатство дельфийский оракул наложил на Спарту проклятие. Одновременно Спарта обратилась к Афинам за содействием в аресте Фемистокла, которого изобличало письмо Павсания, и афиняне откликнулись на их призыв. В том году, по-видимому в 471-м, Фемистокл уже подвергся остракизму в Афинах и жил в Аргосе. Он сумел улизнуть от спартанских и афинских эмиссаров, и те не смогли доставить его на суд Общегреческого союза.
Спарта, сохраняя союз с Афинами, делала все, чтобы укрепить свое руководство в Спартанском союзе. Вероятно, именно по ее настоянию Элида и Мантинея изгнали своих полководцев, когда их войска вернулись из-под Платеи. Правительства этих полисов хранили верность Спарте, когда Аргос в очередной раз, по-видимому в 472 г., подверг ее испытанию на прочность. В то время как Спарта понесла серьезные потери в Персидской войне, Аргос оправился от своего поражения под Сепеей около 495 г. Аргос также заручился поддержкой Тегеи, чьи гоплиты славились своей доблестью. Решающая битва произошла под Тегеей и закончилась спартанской победой. В 471 г., возможно, под влиянием Фемистокла, который активно действовал на Пелопоннесе, небольшие общины Элиды (damoi) объединились в один город (synoikismos), который стал столицей более централизованного государства, и, вероятно, приняли демократическую форму правления. Спарта, защитник пелопоннесских олигархий, с подозрением следила за этим процессом.