Спартанцы доверили ведение войны Агесилаю. Он решил обрушить массированный удар на Фивы. Одним из его мотивов была личная ненависть к этому городу; но в то же время он понимал, как важно помешать Фивам восстановить Беотийскую лигу, которая в начале века обладала сильной армией в 11 тысяч гоплитов и 1100 всадников, и надеялся захватом Фив изолировать Афины, после чего разгромить их. Ради этой решающей кампании он реорганизовал систему военной разверстки, которой были обложены сухопутные государства Спартанского союза. За каждую из десяти армейских групп отвечал один из регионов: два региона составляли Аркадию, по одному – Лакедемонию, Элиду, Ахею, Коринф и Мегару, малые государства северо-восточного Пелопоннеса, Акарнанию, Фокиду и Локриду и, наконец, государства Халкидики. Каждый регион мог по желанию давать деньги вместо солдат, и эти деньги Спарта могла платить наемникам, которые были особенно ценны для круглогодичной службы в качестве гарнизонных войск. В конце 378 г. Агесилай вторгся в Беотию с полуторатысячным отрядом конницы и более чем 18 тысячами гоплитов – если считать одного всадника за четырех гоплитов, эти силы были эквивалентны примерно 25-тысячной армии и, вероятно, представляли собой пять шестых полного призыва, так как Спарта отправила на войну пять из своих шести регулярных бригад (morai). Собираясь дать решающее сражение на равнине, Агесилай был уверен в успехе, но оказалось, что фиванцы и афиняне заняли сильные оборонительные позиции, подготовленные ими на кряже около Фив. Агесилай был не готов к штурму этой позиции, так как спартанцы славились неумением атаковать подобные оборонительные рубежи, к тому же на него произвела впечатление отличная дисциплина наемников Хабрия. Кроме того, он был встревожен недовольством среди собственных союзных войск. Поэтому он опустошил фиванские земли и отступил, оставив гарнизоны в некоторых беотийских городах, чтобы не давать покоя Фивам. В 377 г. он снова вторгся в Беотию с той же самой армией, опустошил страну еще больше, но не сумел навязать решающее сражение. В 376 г., когда Агесилай был болен, Клеомброт не смог преодолеть перевалы на горе Киферон. Беотии больше не угрожало вторжение, и Фивы могли справиться со спартанскими гарнизонами поодиночке.
Фиванские силы, избегая решающего сражения с огромными армиями захватчиков, постепенно уничтожали спартанские гарнизоны в Беотии. Например, зимой 378/77 г. они одолели гарнизон в Феспиях, убив Фебида и разгромив его наемников. В 375 г. Священный отряд, состоявший из 300 отборных гоплитов, одержал выдающуюся победу под Тегирой. Встретившись с двумя спартанскими бригадами, возвращавшимися на свою базу в Орхомен, Священный отряд, не испугавшись колоссального численного преимущества противника, сплоченным строем прорвался сквозь ряды врагов и обратил их в бегство. Впервые в истории греческих войн спартанские гоплиты потерпели поражение от гоплитов, имевших численное меньшинство. Престиж фиванского командира Пелопида и фиванских гоплитов укрепился. В 374 г. у Спарты в Беотии остался единственный союзник Орхомен. В годы войны со Спартой фиванская демократия полагалась на поддержку демократических партий в государствах Беотии, боровшихся с узкими олигархиями, навязанными им Спартой. При освобождении государств власть в них переходила к профиванским демократиям. Таким образом постепенно готовилась почва для воссоздания Беотийской лиги на демократической основе, причем ключевую позицию в структуре лиги получали Фивы как освободитель.