В 354 г. Филомел решил воспользоваться стратегическими преимуществами своего положения на главном пути между его основными врагами – Фессалией и Беотией. Разбив весной фессалийскую армию, он не только не дал своим противникам объединить силы, но и вывел на год Фессалию из войны. Беотия оказалась в окружении врагов: Афины, Эвбея и отделенная заливом Ахея состояли в союзе с Фокидой, а силы Локриды были истощены после двух поражений, нанесенных ей Филомелом. В течение лета Беотии не удалось достичь никаких успехов. Тем временем в Фессалии тираны Фер начали войну с городами Фессалийской лиги. Поскольку ни одна сторона не могла рассчитывать на помощь беотийцев, они искали союзников в других местах: лига обратилась к Филиппу, а тираны – к Афинам. Поздним летом, после падения Метоны, Филипп осадил Пагасы – порт Фер. Афиняне прислали им на выручку флот, но Филипп снова опередил Афины. Осенью 354 г. он захватил Пагасы; под его контролем также находились проходы через Темпейскую долину и в Олооссоне. Феры оказались в изоляции.
Поздней осенью 354 г. Филомел был разгромлен и убит беотийцами у Неона в Фокиде. Большая часть фокийцев и их наемников бежала в предгорья Парнаса, Фокийское государство снова оказалось расколото межпартийной борьбой. Беотия решила отправить своего полководца Паммена с 5 тысячами человек на помощь мятежному сатрапу Артабазу, чтобы восполнить финансы государства. Паммен отбыл в начале 353 г.; по расчетам беотийцев, остатка их сил должно было хватить, чтобы добить фокийцев, когда стает снег в горах. Весной 353 г. Паммен встретил Филиппа во фракийской Маронее, где царь Керсеблепт, царь восточной Фракии, отбивался не только от Филиппа, но и от афинян. Тогда Паммен добился заключения пакта о ненападении между Филиппом и Керсеблептом, благодаря чему была подтверждена дружба между Филиппом и Фивами, а Паммен получил проход через Фракию в Азию. Вскоре после этого Афины заключили союз с Амадоком, царем центральной Фракии.
Весной 353 г. все надежды Беотии оказались обмануты. Казнь всех пленных, взятых в ходе Священной войны, ожесточила фокийцев. Они объединились под руководством талантливого вождя Ономарха, который набрал новых наемников, щедро одаривал друзей за границей и пригласил все дружественные государства прислать в Дельфы представителей для охраны храмовых сооружений (naopoioi). Афины, Локрида, Мегара, Эпидавр, Спарта, Коринф и Фокида собрали средства для восстановления храма, разрушенного в 373–372 гг. Участие других государств имело больше политическое, чем практическое значение, однако Ономарх сумел подчинить себе восточную и западную Локриду, захватив Троний и угрожая Амфиссе, восстановил Орхомен и объединил поредевшие беотийские силы. Ономарх прибегал к подкупу и в Фессалии, так как, если бы фессалийские государства перешли на его сторону, он имел бы превосходство над Беотией и в Совете амфиктионии, и на поле битвы. Однако фессалийские города призвали на помощь Филиппа против тиранов Фер и Краннона, и летом 353 г. Филипп разбил объединенные силы тиранов и Фаилла, брата Ономарха, который привел им на подмогу 7 тысяч фокийских наемников. Тем не менее осенью Ономарх отправился на север со всей своей армией и нанес поражение Филиппу и его фессалийским союзникам. Македонская армия Филиппа понесла тяжелые потери, и ему пришлось покинуть Фессалию. Возвращаясь в Фокиду, Ономарх разбил беотийскую армию и захватил Коронею.
Власть Ономарха, фокийского стратега-автократа, держащаяся на дельфийском золоте, наемных войсках и доброжелательном отношении союзников, простиралась от горы Олимп до Коринфского залива, угрожая сокрушить Беотию – единственное непокоренное государство из числа тех, что подписались под указом амфиктионии, объявлявшим Священную войну. Союзники Ономарха в 353 г. также преуспели. Спарта разбила аргивян в Орнеях и предложила все земли в Греции вернуть их прежним владельцам: Дельфы останутся у Фокиды, Спарта вернет себе Мессению, Афины – Ороп, а Фивы лишатся контроля над Орхоменом, Феспиями и Платеей. Афины наконец сумели закрепиться на Херсонесе, где Харес захватил Сест, вырезав всех взрослых мужчин в городе, а остальное население продав в рабство, и вынудил Керсеблепта заключить союз и уступить все города Херсонеса, кроме Кардии.