В июле 325 г. войско прибыло в Патталу, где начиналась дельта Инда, и Александр послал людей вырыть большую гавань и построить причалы. Он был уверен, что обнаружил морской путь в «Красное море» (Персидский залив), который связывает Персию и Индию. Уже покоренная часть Индии была разделена на сатрапии, в которых построили и заселили несколько Александрий, а вассальные царства исполняли роль буферных государств на востоке. Часть армии под командованием Кратера, забрав обоз, отправилась на запад дорогой, проходящей в глубине материка. Александр вышел в море, принес жертвы Посейдону и бросил в воду золотую чашу. В сентябре Неарх с флотом отплыл из очередной Александрии (Карачи); ему было приказано исследовать и сделать карту побережья, чтобы в будущем можно было установить регулярную навигацию. Александр с оставшейся частью армии отправился вдоль побережья, покоряя местные племена и устраивая склады для флота, который двигался медленно из-за встречных ветров. В Оре Александр основал еще одну Александрию и оставил Леонната с частью армии, сам же примерно с 10 тысячами бойцов и множеством сопровождавших армию гражданских лиц поспешил вперед. В Индии он похоронил многих македонян, в том числе и своего малолетнего сына Геракла, которого Роксана родила ему во время кампании.
Дойдя до реки Томер (Хингол), Александр повернул в глубь материка, огибая горы, и вскоре оказался в безводной Гедросийской пустыне. Проводники заблудились. Вьючных животных пришлось съесть, армия могла идти лишь по ночам, когда жара спадала, и тех, кто падал, оставляли умирать. Сам Александр спешился и шел во главе своих людей; он бросил свой багаж и отказывался от воды, если ее не хватало на всех. Большинство солдат добрались до Пуры, где устроили передышку, но многие из тех, кто шел за армией, погибли в пустыне. Моряки Неарха, плывя вдоль побережья, также страдали от нехватки продовольствия и воды. Однажды они пустились в погоню за стадом китов. В другой раз, высадившись, нашли аборигенов, питавшихся сырой рыбой и живших в хижинах, сложенных из китовых костей. Но в конце концов они добрались до входа в «Красное море» (Персидский залив) и после восьмидесяти дней плавания встали на якорь в устье реки Аманис. Оттуда Неарх отправился в глубь страны и встретился с Александром. Когда Неарх сообщил царю, что флот цел, Александр расплакался и вознес благодарственные молитвы греческому Зевсу и ливийскому Амону, так как уже начал терять надежду. После празднества в честь воссоединения армии и флота они направились в глубь залива, а оттуда вверх по Тигру в Сузы, куда прибыли весной 324 г. Там уже был и Леоннат; Александр возложил на него и Неарха золотые венцы.
За долгое отсутствие Александра некоторые его сатрапы и полководцы начали злоупотреблять властью. Александр арестовал и казнил четверых персидских сатрапов и трех военачальников и приказал всем сатрапам распустить любые наемные войска, находившиеся в их распоряжении. В вакантные сатрапии были назначены македоняне; один из них, Певкест, сатрап Персии и Сузианы, стал носить персидское платье и заслужил преданность персидского народа. Гарпал, роскошно живший за счет сокровищ Александра, бежал в Эгейское море с флотом, 6 тысячами наемников и 5 тысячами талантов. По совету Демосфена Афины запретили ему вход в Пирей, но летом 324 г. его с двумя триремами впустили в город и арестовали. Вскоре после этого он бежал, и Ареопаг начал расследование с целью узнать, кому он давал взятки. В Египте Клеомен притеснял местных купцов, монополизировал экспорт зерна и продавал его по непомерным ценам, сколотив состояние в 8 тысяч талантов. Александр не спешил ничего предпринимать против него, опасаясь, что он восстанет и укрепится на египетской границе. Хотя эти злоупотребления были очень досадными для царя, суровые меры Александра в восточных сатрапиях, продемонстрировавшего, что он намерен охранять интересы подданных, положили им конец.