В 1584 г. дворяне восстанавливают Католическую лигу во главе с Гиза-ми. В Париже параллельно создается своя лига. Если среди советников парламента и муниципальной олигархии, высшего духовенства позиции сторонников короля были сильны, то руководители кварталов, выборные капитаны городской милиции, приходские священники по большей части принадлежали к Парижской лиге. Ее участники боялись того, что гугеноты во главе с «еретиком Бурбоном» готовят новую Варфоломеевскую ночь.
Король пытался маневрировать. Он вступил было в открытую борьбу с Парижской лигой, но в июле 1585 г. вынужден был подписать так называемый Немурский эдикт, лишавший Генриха Наваррского прав на престол. Это привело к новой религиозной войне (1586—1587), которая получила название «война трех Генрихов». Генрих III надеялся, что в этой войне Генрих Гиз и Генрих Наваррский будут взаимно ослаблены. Против Генриха Наваррского он двинул армию под командованием герцога Жуайеза, своего «миньона». Генриху Гизу с небольшим войском было приказано помешать вторжению во Францию немецких рейтар, нанятых гугенотами. Однако проигравшим остался сам король. Армия Жуайеза была разбита в Гиени, и сам он погиб. Гизу же удалось отразить рейтар и в очередной раз прослыть спасителем отечества.
Опасаясь необычайной популярности герцога Гиза среди парижан, Генрих III запретил ему появляться в столице. А когда тот не послушался, король для устрашения ввел в Париж своих швейцарских наемников. Но он не учел, что тем самым нарушил давние городские свободы (Париж всегда был свободен от постоя), к тому же солдаты в городе вызвали страх грабежей или «реванша» за Варфоломеевскую ночь. 12 мая 1588 г. улицы города оказались перегорожены баррикадами — большими винными бочками (barriques), набитыми землей и скрепленными между собой цепями. На баррикады вышли даже те горожане, которых король считал своей опорой: сила соседской солидарности оказалась сильнее верноподданических чувств. Солдаты попали в западню. Бойню предотвратило лишь прибытие некоронованного короля Парижа — герцога Гиза. После «дня баррикад» Генрих III покинул столицу.
Более чем когда-либо нуждаясь в деньгах и в политической поддержке, король созвал Генеральные штаты в Блуа, однако большинство депутатов оказалось под влиянием Парижской лиги. Не дав Генриху III денег, они потребовали заменить на всех постах королевских ставленников литерами, ввести Генриха Гиза в Королевский совет и нанести решительный удар по «еретику Бурбону». Король сделал вид, что идет на уступки. Но пригласив братьев Гизов (герцога и кардинала) на заседание своего совета в Блуаском замке, приказал их убить.
Устранив Гизов, король надеялся, что Парижская лига распадется, ведь феодальная клиентела существовала, лишь пока был жив ее лидер. Однако лига была не только клиентелой. Ее сплачивали и связи «горизонтальной солидарности», столь характерные для средневекового города. В каждом из 16 кварталов Парижа действовали свои ячейки активистов лиги. На их основе был организован «Совет шестнадцати», настаивавший на продолжении решительной борьбы за святое дело.
Руководство Парижской лигой взял на себя герцог Майенский, младший брат Генриха Гиза. В Генеральный совет лиги («Священного союза») вошли верные ему люди, видные чиновники, представители городов и высшего духовенства. Влияние «Совета шестнадцати» в этом органе было ограничено, но герцог не порывал с ним.
Генрих III также действовал решительно. Он основал в Туре «Парижский парламент в изгнании», куда стекались советники, бежавшие от литеров. Король примирился со своим наследником — Генрихом Наваррским. Королевским войскам и закаленным в боях гугенотским дворянам удалось нанести лигерам несколько поражений. Летом 1589 г. объединенная 40-тысячная армия двух королей осадила Париж. Но 1 августа 1589 г. Генрих III был убит одним из лигеров, монахом Жаком Клеманом.
Генрих IV: от «еретика Бурбона» к «христианнейшему королю». Перед смертью Генрих III успел сказать Генриху Наваррскому, что, не будучи католиком, он никогда не станет королем Франции. Но новый король Генрих IV (1589—1610) не торопился совершать этот, по его выражению, «опасный прыжок». Государство продолжало распадаться. Губернаторы присваивали себе право собирать королевские налоги и назначать своих людей на королевские должности. Города отказывались подчиняться своей администрации. Дворяне, входившие в окружение Генриха III, вовсе не собирались хранить верность его преемнику. Так, «последний из миньонов» герцог д’Эпернон вернулся в свои земли и стал воевать уже против всех. В этих условиях единственной опорой Генриха IV оставались гугенотские дворяне, и рисковать их доверием, отрекаясь от кальвинизма, он в данный момент не мог.