Вице-короли командовали вооруженными силами, издавали местные законы, руководили администрацией, закрепляли земли и индейские общины за испанскими переселенцами, контролировали сбор налогов. Их полномочия действительно были королевскими, а потому даже в официальной доктрине Испании вице-королевства рассматривались как находящиеся в федеративном союзе с Испанским королевством (королевства Леона и Кастильи).
В колонии, имевшие меньшее значение для испанской короны, назначались генерал-капитаны,
которые номинально подчинялись вице-королям, но практически пользовались административной самостоятельностью и получали указания непосредственно от Совета по делам Индий.К концу XIX в. были образованы генерал-капитанства в Гватемале, Венесуэле, Чили и на Кубе. Впоследствии эти искусственно сложившиеся границы между вице-королевствами и генерал-капитанствами станут основой пограничной демаркации для самостоятельных латиноамериканских государств.
Важную роль в колониальном управлении играли создаваемые при вице-королях или генерал-капитанах особые судебно-административные органы — аудиенции.
В провинциях, на которые делились колонии, руководство администрацией, судом, церковью осуществляли губернаторы, которым, в свою очередь, были подчинены коррехидоры, старшие алькальды. В XVIII в. при королях из династии Бурбонов для большей централизации системы управления в провинции назначались интенданты и субделегаты.
Все высшие должности в колониальной администрации в Латинской Америке, в том числе и вице-королей, замещались исключительно выходцами из числа испанской феодальной знати, присылаемой в колонию на ограниченный срок (обычно на 3–6 лет). Считалось, что длительное пребывание испанцев в колониях, внебрачные связи ведут к "порче крови".
Единственным звеном колониальной администрации, доступным местному дворянству из потомков испанских поселенцев (креолам), уже утратившим "чистоту крови", было городское управление. Здесь сохранялись некоторые традиции и формы, заимствованные из муниципального самоуправления Испании. Имущая верхушка составляла муниципальную корпорацию — кабильдо. Управление городами осуществляли советники — рехидоры и избираемый ими алькальд.
Огромную роль в колониальном управлении Латинской Америкой играла католическая церковь. Папская булла в 1493 г. дала испанским королям право патронажа над церковью в колониях, в частности право назначать на церковные должности. В результате церковь стала органической частью колониального аппарата, хотя и использовала при этом свои специфические духовные средства воздействия на население колоний. Инквизиционные трибуналы сурово карали не только за отход от католической веры, но и за высказывание крамольных политических идей. При этом церковь была крупным землевладельцем, сосредоточившим в своих руках одну треть всей пахотной земли колоний.
Экономическая мощь церкви позволяла ей вступать в конфликты с самой колониальной администрацией, претендовать на самостоятельность в политической жизни. В Парагвае, например, орден иезуитов организовал подобие автономного, закрытого для внешнего мира и для официальных властей государства, основанного на принудительном труде индейцев в церковных владениях — редукциях. Это своеобразное политическое образование иезуитов, напоминавшее платоновское государство, просуществовало практически более столетия.
Многоступенчатый и сложный аппарат колониального управления в Латинской Америке отличался чудовищным бюрократизмом со свойственной ему неэффективностью и коррупцией. Строжайшая централизация не мешала чиновникам всех рангов, начиная от вице-королей и кончая, городскими рехидорами, пользоваться большой отдаленностью от Испании, проявлять самовластие, осуществлять правотворчество, допускать любые беззакония.
К концу XVIII в. в связи с ростом противоречий между метрополией и колониями вице-королевства и генерал-капитанства превратились в своеобразные квазигосударства, постепенно приобретающие самостоятельное политическое существование. Чиновники в колониях по отношению к властям метрополии часто руководствовались правилом: "повинуюсь, но не выполняю".
Испанская администрация стремилась тщательно регламентировать все стороны жизни населения в колониях, разработала для них огромную массу законодательных актов. В 1680 г. был издан Свод законов королевства Индий (9 книг и 6377 законов) — первый в истории официальный сборник колониального права.