Епископские инквизиторы поторопились ответить и в тот же день возбудили дело против самого Николая, который тотчас же послал жалобу Папе. Кроме того, они вызвали на 31 января Эккарта, но он явился еще 24-го в сопровождении многочисленных приверженцев и с негодованием выразил свой протест, жалуясь на медленность дела, марающего его имя, тогда как его можно было окончить шесть месяцев тому назад; он добавил при этом, что против него пользовались свидетельствами доминиканцев, замаранных разными преступлениями. Эккарт потребовал apostoli и определил 4 мая последним сроком подачи жалобы в Рим. Епископские инквизиторы по закону имели тридцать дней срока для ответа на это требование.
Чтобы показать, насколько его имя пострадало от всего этого дела, он сделал 13 февраля один незаконный с юридической точки зрения шаг, позволивший утверждать, что он сам отрекся от своих заблуждений. После произнесения проповеди в доминиканской церкви он велел прочесть бумагу, в которой он оправдывал себя перед народом от возбужденных против него обвинений в ереси, отрицая, что он говорил, что будто бы его мизинец сотворил все, или что в душе существовало несозданное и несоздаваемое начало.
По истечении тридцатидневного срока, 22 февраля, инквизиторы архиепископа отказали Эккарту дать apostoli. Немного спустя, утомленный этим долгим делом, он умер, но орден пользовался достаточным влиянием у Иоанна XXII для того, чтобы добиться перенесения всего дела в Авиньон.
Там поведение архиепископа было признано правильным, и 27 марта 1329 года было вынесено решение, признавшее в учении Эккарта 17 еретических пунктов и 11 подозрительных. Хотя приписанное ему отречение и спасло его тело от вырытия и сожжения, но тем не менее этот приговор вполне оправдывал архиепископа, и на один раз старый порядок взял верх над новым. Было объявлено, что ересь Эккарта была доказана как расследованием (инквизицией) архиепископа, действовавшего вполне законно, так и расследованием, произведенным после этого в Авиньоне по распоряжению Папы. Это решение тем более знаменательно, что в это время Иоанн XXII имел серьезное основание заискивать перед доминиканцами, так как вел ожесточенную борьбу против Людовика Баварского и против недовольной партии францисканцев.[92]
Епископская инквизиция получила признание Церкви. Парижский собор 1350 года говорит о преследовании еретиков как о главной обязанности епископа; он дает инструкции епископским судьям, определяющие их права арестовывать подозреваемых и обращаться к светским властям с теми же требованиями, как и инквизиция. Одно бреве Урбана V в 1363 году относится к одному рыцарю и пяти дворянам, заподозренным в ереси и находившимся в то время под стражей у каркассонского епископа; Папа приказал судить их епископу или инквизитору, или обоим совместно, но чтобы приговоры были представлены ему.В 1423 году каркассонский инквизитор прибыл в Альби, где велел принести присягу двум нотариусам и нескольким подчиненным ему лицам, которые должны были действовать от его имени; затем он приказал собрать некоторые свидетельские показания по делу, которое он вел, и заставил свидетелей поклясться, что они будут хранить все в тайне, пока не будет извещен обвиняемый. Епископ Альби пожаловался на это как на вмешательство в его юрисдикцию. Он заявил, что должностные лица имели право приносить присягу только в присутствии его судьи или представителя последнего; наложенное на свидетелей обязательство хранить в тайне их показания, добавлял епископ, могло только помешать его собственному расследованию, так как лишало его свидетельских показаний, в случае если он сам примется за это дело. Этот протест показывает те столкновения и то соперничество, которые неизбежно вызывались существованием двух параллельных юридических факторов. В настоящем случае посредником был избран каркассонский епископ; инквизитор признал себя виновным и отменил свои действия, и было публично объявлено о последовавшем примирении.
Однако, несмотря на это и подобные ему столкновения, на практике, в конце концов, установился modus vivendi. Писавший в 1375 году Эмерик представляет нам почти всегда епископа и инквизитора действующими совместно и не только в постановке решения, но и во всем деле; он, по-видимому, старается доказать, что инквизиция нисколько не нарушала епископской юрисдикции и не освобождала епископа от его обязанностей.