Устройство инквизиции было настолько же просто, насколько целесообразно в достижении цели. Она не стремилась поражать умы своим внешним блеском – она парализовала их террором.
Она оставила светским прелатам богатые одежды, величественную пышность богослужения, блестящие процессии и длинный ряд служителей. Инквизитор носил скромную рясу своего ордена; в город входил он или один, или сопровождаемый несколькими вооруженными слугами, которые составляли его личную стражу и были исполнителями его приказаний. Главной ареной его деятельности были стены здания святого трибунала, откуда он рассылал свои приказы и распоряжался судьбой целых народов, окруженный молчанием и таинственностью, в тысячу раз более внушительными, чем внешнее великолепие епископов.
О плодотворной работе, а не о внешности заботилась инквизиция. Это было здание, воздвигнутое людьми серьезными, решительными, всецело преданными одной идее; людьми, которые знали, чего они хотят, и отбрасывали с презрением все, что могло помешать их деятельности.
Вначале, как мы видели, инквизиторами были простые монахи, выбираемые один за другим, чтобы преследовать еретиков и выяснять степень их виновности. Их деятельность, естественно, ограничивалась пределами провинций нищенствующих орденов, из которых каждая охватывала большое число епископий, провинциалы которых назначали инквизиторов. Хотя на главный город провинции с его монастырем ордена и с его тюрьмами стали скоро смотреть как на резиденцию инквизиции, но все же инквизитор был обязан постоянно находиться в разъездах и собирать народ в разных местах, как делали это раньше епископы при своих пастырских объездах, обещая, кроме того, отпущение грехов на время от двадцати до сорока дней всем тем, кто являлся на его призыв. Правда, инквизиторы Тулузы вначале основались в этом городе и вызывали к себе всех, кого хотели допрашивать, но этот порядок вызвал такие жалобы, что в 1237 году легат Иоанн Виенский приказал самим инквизиторам выезжать на места. Следствием этого был их выезд в Кастельнодари, где народ встретил их враждебно, так как заранее условились не выдавать никого; тогда они перебрались в Пюилоранс; сюда они прибыли, никем нежданные, и могли благодаря этому собрать много свидетельских показаний.
Убийства, происшедшие в Авиньоне в 1242 году, показали, что эти расследования на местах не всегда были безопасны; тем не менее их продолжали предписывать и кардинал Альбано в 1234 году, и собор 1246 года в Безье. В 1247 году Иннокентий IV уполномочил инквизиторов, в случае опасности, вызывать еретиков и свидетелей в какое-либо безопасное место, но личные объезды остались по-прежнему в силе: в Италии они предписывались буллами Ad extirpanda; о них, как о чем-то, вошедшем в обычай, говорит современный немецкий инквизитор; в Северной Франции в 1278 году брат Симон Дюваль созывал народ на местах; в 1330 году Бернар Ги говорит о них как об исключительной привилегии инквизиции, а около 1375 года Эмерик описывает этот порядок как установившийся уже исстари.
Нельзя представить что-либо более действительное, чем эти объезды. С течением времени, когда была усовершенствована система шпионов и служителей (familiares), они стали менее обычны; но в первые годы инквизиции они принесли ей огромные услуги. За несколько дней до своего прибытия инквизитор извещал духовные власти, чтобы они в назначенное время созвали народ, обещая известные индульгенции тем, кто явится. Часто инквизиторы добавляли при этом, что не явившиеся будут подвергнуты отлучению; но это было с их стороны превышением власти, и подобные отлучения признавались не имеющими силы. К собранному таким путем населению инквизитор обращался с речью о чистоте веры; затем он требовал всех жителей известного района явиться к нему в течение шести или десяти дней и сообщить ему все, что им известно относительно лиц, виновных в ереси или подозреваемых в этом, также относительно лиц, говоривших что-либо несогласное с догмами веры или ведущих жизнь, отличную от жизни большинства верных. Всякий, кто не повиновался этому приказанию, подвергался ipso facto отлучению от Церкви, которое мог снять только один инквизитор; а повиновение давало индульгенцию на три года.
В то же время инквизитор провозглашал "срок милосердия", продолжительностью от пятнадцати до тридцати дней, в течение которого всякий добровольно явившийся еретик получал снисхождение, если он сознавался в своих заблуждениях, отрекался от них и давал подробные сведения о своих единоверцах. Это снисхождение иногда было полным, иногда же оно обусловливало только отмену более суровых мер наказания, каковы: смерть, тюрьма, конфискация и изгнание.
Впервые сведения об этой милости, ограниченной определенным сроком, мы находим до 1235 года. В 1237 году один виновный отделался, благодаря этому, легкой епитимьей; ему приказали совершить два небольших паломничества, уплатить инквизиции штраф в десять ливров morlaas – "во имя любви к Богу", и в течение всей своей остальной жизни помогать ежедневно одному нищему.