К XV веку в христианство перешло множество евреев, и это оказалось проблемой не только для самих евреев, но и для христиан, испытывавших немалые сомнения (обоснованные или надуманные) в том, насколько искренне верят в Христа «новые христиане». Желая очистить государство, Изабелла и Фердинанд (с 1479 года монархи объединенного королевства Кастилии и Арагона) возложили поиск тайных иудеев среди «конверсос» (обращенных) на монашеский орден доминиканцев. Инквизиторы, судя по всему, нашли не слишком много тайных иудеев, а вот иудеи, открыто исповедовавшие свою веру, были налицо. В 1483 году евреев изгнали из Андалусии, а осенью того же года генеральным инквизитором был назначен Томас де Торквемада. Когда в январе 1492 года Фердинанд и Изабелла вступили в Гранаду — последнюю мусульманскую твердыню на полуострове, они решили, что пришло время окончательно избавить Испанию от евреев, и 31 марта 1492 года в Гранаде был подписан указ об их изгнании [10].
Отчасти нетерпимость к евреям просочилась в католическую Испанию из христианских общин, располагавшихся к северу от полуострова, в тех частях Европы, где евреи жили небольшими общинами в течение всего Средневековья. Вероятнее всего, первые евреи поселились на севере нынешней Каталонии и юге Франции вскоре после 70 года н. э., однако документальные свидетельства наличия еврейских поселений в Галлии в основном начинаются с V века, при франкских королях из династии Меровингов, когда еврейские общины стали пополняться беженцами из вестготских королевств Испании. Особенного процветания евреи достигли в эпоху Каролингов, в VIII–IX веках; в XI веке Лимож, Нарбонн и Труа стали важными центрами еврейской учености. На территории Германии евреи, по всей вероятности, поселились позже. Судя по всему, в 321 году в Колонии Агриппины (нынешнем Кёльне) небольшое число евреев уже проживало, так как в это время римский император постановил, что их можно привлекать к участию к городском совете. Но в дальнейшем еврейское население прирастало весьма неспешно, главным образом за счет приезда купцов из Италии и Франции: так, семья Калонимидов из итальянской Лукки в X веке поселилась в Майнце. Мирную жизнь французских и немецких общин прервали крестовые походы. В апреле — июне 1096 года по пути в святую землю крестоносцы обрушились на еврейские общины долины Рейна; во время последующих крестовых походов жестокости по отношению к евреям только усилились. В 1215 году Четвертый Латеранский собор обязал евреев носить особый знак для отличия от христиан; волны преследований можно проследить по записям упомянутых общин вплоть до конца Средневековья [11].
Одним из поводов к вспышкам насилия в отношении евреев довольно часто оказывался «кровавый навет». Во Франции он впервые засвидетельствован в Блуа в 1171 году, в Испании — в Сарагосе в 1182 году, в Германии — в Фульде в 1235 году. Но еще ранее, в 1144 году, это произошло в английском Норвиче: евреев обвинили в том, что перед Пасхой они купили «отрока-мученика» Уильяма — «и мучили его всеми мучениями, какими терзали и Господа нашего, и в Страстную пятницу распяли его на кресте, исполненные ненависти к Господу нашему». Евреи появились в Англии лишь после нормандского завоевания в 1066 году. Большинство из них происходили из Северной Франции, были тесно связаны с королевским двором, оказывая финансовые услуги короне, и поселились в связи с этим в ряде крупных городов, самым важным из которых был Лондон. Принятая ими роль финансовых посредников между народом и королем отчасти объясняет высокий уровень антисемитских настроений, которые еще усугубило крестоносное рвение Ричарда Львиное Сердце. При нем вражда к евреям достигла апогея: в 1189 году еврейский квартал в Лондоне был разграблен, а в 1190 году совершили массовое самоубийство евреи Йорка, осажденные взвинченной толпой в Клиффордской башне Йоркского замка. Английские евреи пребывали в положении граждан второго сорта в течение следующего века; наконец, 18 июля 1290 года Эдуард I издал указ об их изгнании: впервые в Средневековье всем евреям было предписано покинуть какую-либо страну [12].
Подобные изгнания, а также торговые и иные причины привели к тому, что на протяжении всего Средневековья демография еврейских поселений постоянно изменялась. Многие евреи из Германии переселились на восток, осев в Польше, Литве и России; туда они принесли с собой особый еврейско-немецкий диалект, из которого позднее развился идиш. Многие евреи в последние века 1-го тысячелетия покинули Италию: кто-то отправился на север, кто-то пересек Средиземное море и оказался в Северной Африке. Карл Великий в VIII веке поселил евреев из Италии в Майнце. В тот же период итальянские ученые раввины обогатили своими знаниями еврейские религиозные школы в Фустате (нынешняя южная часть Каира) и Кайруане. Итальянские евреи поддерживали и тесный контакт с Палестиной, становясь проводниками палестинских религиозных традиций в Северной Европе.