Являясь самым решительным врагом еретиков, Несторий не мог себе даже и представить, чтобы его могли заподозрить в лжеучении (Mansi V, 753 А). Между тем это случилось. Из сообщений самого Нестория (Ibidem) и историка Сократа (Сократ
. Ц. История VII, 32) следует, что споры относительно в приложении к Святой Деве Марии, происходили в Царьграде еще до прибытия Нестория, а в лице его встретили наиболее способное на них отозваться лицо. Несторий еще в Антиохии разъяснял догматы. Заставши теперь догматические расхождения в Царьграде, Несторий поручил своему синкеллу, пресвитеру Анастасию, уладить их. Миссия последнего совсем не удалась, главным образом вследствие его резкого характера. Однажды он, в присутствии самого Нестория, сказал в церкви: «Пусть никто не называет Марию Богородицею, ибо Мария была человек, а от человека Богу родиться невозможно» (Сократ. VII, 32; Евагрий. Ц. История I, 2). Слова эти вызвали большое смущение среди слушателей. Но Несторий подтвердил высказанное Анастасием. Этот случай породил сильное возбуждение в городе: пошли споры и раздоры. Однако, Несторий, вместо успокоения, тем чаще стал обращаться к этой теме в своих проповедях (Сократ. VII, 32). В день Рождества Христова, при большом стечении народа, он дал подробное, обоснованное изложение своей точки зрения на этот вопрос.Вскоре в оппозицию Несторию стали оба бывшие соперники при замещении Константинопольской кафедры — Филипп и Прокл. Первый прямо упрекал своего архиепископа в ереси. Несторий, в свою очередь, обвинял его в манихействе. В один из праздников Богородицы (Благовещение 429 г.) выступил с словом возражения против Нестория и Прокл. Он встретил среди слушателей большое сочувствие. За это не возлюбил его Несторий и сам продолжал в проповедях развивать прежние свои мысли. При этом ему пришлось однажды подвергнуться публичному оскорблению со стороны Евсевия схоластика, т. е. ритора по профессии, впоследствии епископа Дорилейского, который прервал архиепископа возгласом: «Нет, сам вечный Логос подверг себя второму рождению», — назвав его (Нестория) слова ложью и богохульством. Через несколько дней на стенах церкви появилось формулированное обличение Нестория в ереси, причем его учение сближалось с ересью Павла Самосатского (Mansi IV, 1008-1012). Император стал на сторону Нестория. Пульхерия объявилась его врагом.
До сих пор речь идет о волнениях в Константинополе, вызванных проповедями Нестория и его единомышленников. Эти волнения нельзя особенно преувеличивать. По-видимому, их можно было еще успокоить, заглушить. По крайней мере, в конце 430 г. Несторий в беседе со своим клиром разъяснял, в каком смысле можно употреблять и наименование Оеотокоч. Это еще ранее получения Несторием дружественного послания — увещания от Иоанна Антиохийского. Последний, зная обстоятельства дела, мог совершенно серьезно подумать, что волнения в Константинополе улеглись.