В таком виде французскому юношеству в будущем предписано было внушать долг послушания императору. Как только папа получил известие о новом катехизисе, он не замедлил заявить протест: «император хочет присвоить себе полномочие, которое Бог предоставил только церкви; апостолам, а не королям, сказано: «Идите и научите все народы». Но протест явился слишком поздно. Императорский катехизис оставался одобренным во Франции в качестве учебника до падения империи.
Рядом с этим своеволием, с которым император присваивал себе право, принадлежащее в римско-католических землях лишь папе, именно право отмены и введения учебников, явились и новые огорчения для папы. Не ограничиваясь захватом укрепленных мест церковного государства, Наполеон хотел иметь и нравственную поддержку папы против своих врагов. Когда Пий не согласился на это, то Наполеон решил сделать последний шаг. 10 января 1808 года генерал Миоллис получил приказ внезапно двинуться на Рим, и именно под предлогом, что он хочет соединиться со своими войсками в королевстве Италии. Он должен был занять город и «малейшую попытку восстания наказать и подавить найстрожайшим образом». К концу января 1808 года Миоллис во главе своего войска двинулся из Флоренции. Дойдя до пределов церковного государства, он просил позволения пройти чрез Рим. «Он хотел бы иметь крылья, чтобы достигнуть Неаполя по воздуху; но так как на земле нет другого пути к Неаполю, кроме как чрез город Рим, то он и просил позволить ему пройти этой дорогой». Позволение было дано: и поэтому никто не удивился, когда рано утром 2 февраля 1808 года чрез «Народные ворота» вступил в город многочисленный французский корпус. Войско двигалось в военном порядке чрез Испанскую площадь к воротам св. Джиованни: впереди несколько пушек, а затем кавалерия и пехота. Прибыв на большую площадь перед Квириналом, где жил папа, войско остановилось, и пушки направлены были жерлами против Квиринала. Папа в это время, по случаю праздника, вместе с кардиналами совершал богослужение в церкви Квиринала. Французы не мешали им и с удивлением видели, как по окончании мессы кардиналы садились в свои кареты, как будто ничего не случилось. Но римское население не могло отнестись к этому событию с таким же спокойствием, и в первый раз с незапамятных времен неделя карнавала прошла скучно и уныло, потому что все видели и чувствовали, что они, в сущности, в плену у французов.
Вскоре после занятия Рима французами внезапно заболел кардинал Казони, и его преемником сделался, в качестве папского государственного секретаря, Дориа Памфилий. Его управление продолжалось, однако, не долго. Наполеон, ненавидя вообще коллегию кардиналов, издал приказ, которым повелевалось, чтобы все те из кардиналов, которые с самого рождения не были подданными папы, немедленно и против их воли были высланы каждый на свою родину. Вследствие этого приказа, Дориа немедленно должен был выехать в Геную, а его пост занял Габриелли. Тогда Пий прибег к решительной мере – к разрыву дипломатических сношений с Францией. Кардинал Капрара был лишен своих полномочий и сам был отозван. В свите не советовали папе прибегать к столь крайней мере; но он остался при своем решении. Не без некоторой гордости он сознавал, что он единственный человек, который осмелился вступить на столь роковой путь. Иностранные дипломаты относились к судьбе папы более или менее равнодушно; потому что от грозного своеволия Наполеона тогда и другие троны колебались в своих устоях. 16 июня два офицера без всякого доклада незаметно вошли в помещение папского государственного секретаря Габриелли. Они объявили его арестованным и запечатали его письменный стол, содержащий в себе несколько важных документов; затем увезли его из Рима. Вечером в тот же день Пий призвал кардинала Бартоломео Пакку и назначил его государственным секретарем. Новый секретаре, принадлежавший к тайным противникам Консальви, стал действовать с такою мягкостью и осторожностью, что даже возбудил неудовольствие в папе. «Господин кардинал», не вытерпев, сказал папа однажды Накке, «в Риме говорят, что мы заснули. Следует показать, что мы бодрствуем, и поэтому пошлите энергическую ноту к французскому генералу по поводу его последнего акта насилия». Но Пакка умел приберегать свой выстрел для надлежащего момента. Он неоднократно вел переговоры с генералом Миоллисом, которого старался удержать от насильственных действий и сделать мягче, но напрасно. Они обменялись между собою жесткими словами. Генерал Миоллис сказал, что ему «дан приказ подавлять или вешать всех, кто в церковной области будет противиться велениям императора». Пакка не смутился, но видел, что дело идет к развязке, которая и не заставила себя долго ждать.