Пока генерал Дюпон ждал подкреплений в Кордове, волнения в Андалусии усиливались. Вокруг Севильи собрались войска численностью 12—15 тысяч человек. Новые ополчения формировались, обучались и привыкали к дисциплине. Погода также помогала восставшим и не благоприятствовала французской армии, положение которой ухудшалось с каждой минутой, ибо непрестанно усиливающаяся жара увеличивала количество больных и подрывала моральный дух солдат. Французский флот в это время подвергался в Кадисе великой опасности.
После убийства несчастного Солано волнение в городе, где властвовала самая ничтожная чернь, непрестанно нарастало. Томас де Морла всячески угождал толпе, потакая ей и каждый день позволяя совершать злодейства. Мятежники принялись требовать уничтожения французского флота и истребления французских матросов. Желание это было естественно, но трудноисполнимо, ибо пять французских кораблей и фрегат были снаряжены 3-4 тысячами уцелевшими в Трафальгаре моряками и вдобавок располагали 4-5 сотнями орудий. Они успели бы поджечь испанские эскадры и весь арсенал Кадиса прежде, чем допустили бы хоть одного человек к себе на борт. К тому же, располагаясь у входа в гавань Кадиса, рядом с городом, вперемешку с оснащавшейся в то время испанской дивизией, французские корабли могли ее уничтожить и направить огонь на город. Правда, тогда позвали бы англичан и французские моряки пали бы под перекрестным огнем из испанских фортов и с английских кораблей, но они погибли бы, жестоко отомстив ослепленным союзникам и варварам-врагам.
Томас де Морла, который оценивал положение лучше, чем население Кадиса, не хотел подвергать себя подобным опасностям и со свойственным ему лукавством затеял переговоры. Он предложил адмиралу Розили немного отодвинуть корабли вглубь гавани, оставив испанскую дивизию при входе, разделить эскадры для предупреждения столкновений кораблей и доверить, таким образом, заботу охранять Кадис от англичан самим испанцам. Адмирал Розили, с минуты на минуту ожидавший прибытия генерала Дюпона, о выдвижении которого ему было известно, принял эти условия, будучи уверен, что через несколько дней станет хозяином порта и всего Кадиса. Вследствие чего он приказал отвести свои корабли от испанских и занял позицию в глубине гавани, оставив испанскую дивизию при входе.
Так протекли первые дни июня, которые генерал Дюпон использовал на захват Кордовы. Но вскоре адмирал Розили стал замечать, что мнимые любезности Томаса де Морлы являлись лишь ловушкой, призванной выиграть время и подготовить средства нападения на французский флот, стоявший в глубине гавани, откуда он не мог причинить большого вреда Кадису и его обширному арсеналу.
Видя, как испанские батареи, достававшие огнем до середины гавани, подкрепляются новыми мортирами и гаубицами, как снаряжаются канонерские лодки и бомбарды, адмирал понял цель этих приготовлений и решил увести свои корабли к деревушке в заливе, воспользовавшись приливом при полной луне, когда вода особенно высока. В заливе он мог укрыться от самого разрушительного огня, долго обороняться и, прежде чем пасть, причинить большие разрушения. Но для отвода кораблей нужен был западный ветер, а дул только восточный. Пока адмирал дожидался ветра, проницательность испанских офицеров сделала его маневр невозможным. Они затопили старые корабли в проходах, ведущих в залив, и поставили на якорь линию канонерок и бомбардирных судов с тяжелой артиллерией. Другую линию канонерок и бомбардирных судов они поставили со стороны Кадиса, также затопив там несколько старых кораблей. Французская эскадра оказалась запертой в центре гавани, на позиции, с которой не могла уйти и на которой попадала под обстрел батарей с суши и с канонерских лодок и была лишена возможности передвинуться туда, откуда могла причинить наибольший ущерб.
Девятого июня, по завершении всех приготовлений, господин де Морла, не утруждая себя более переговорами, приказал открыть огонь по эскадре адмирала Розили. Суда со стороны деревни в заливе и со стороны Кадиса приступили к обстрелу французских кораблей. Под градом ядер и бомб французы держались с хладнокровием и стойкостью, достойными героев Трафальгара. К несчастью уровень воды не позволял им приблизиться к батареям на суше, и они выносили огонь, почти не имея возможности на него отвечать. Но зато они смогли вдребезги разбить и пустить ко дну множество бомбардирских суден и канонерок.
Начавшись в три часа пополудни 9 июня, обстрел продолжался до десяти часов вечера. На следующий день он возобновился в восемь утра и продолжался без перерывов до трех часов. К концу этого печального боя по французским кораблям было выпущено 2200 бомб, только 9 из которых достигли бортов, не причинив значительного ущерба. Потери составили 13 человек убитыми и 46 тяжелоранеными. Французы уничтожили 15 канонерок и 6 бомбард и вывели из строя 50 испанцев.