Внезапно, когда Наполеон отдавал последние распоряжения, стало известно, что австрийцы дошли в своей дерзости до захвата в Браунау французского курьера, доставлявшего депеши из венской миссии в миссию Мюнхена. Изъятие вверенных ему депеш, несмотря на горячий протест курьера и печати двух посольств, которые должны были внушить к ним почтение, показалось Наполеону равноценным разрыву. В приступе сильнейшего гнева он приказал послать запрос Меттерниху и, в качестве карательной меры, предписал произвести немедленный арест австрийских курьеров на всех дорогах. Его приказы, в точности и без промедления исполненные, доставили ему весьма важные депеши, изъятые на Страсбургской дороге. Он прочитал их с величайшим вниманием и пришел к выводу о том, что военные действия будут начаты в середине апреля. Запрос паспортов, сделанный Меттернихом, окончательно подтвердил близость войны, и Наполеон приказал Бертье отправляться в Донау-верт и собирать армию в Регенсбурге, если можно будет успеть, либо, если времени окажется недостаточно, отводить ее за Лех к Донауверту, оставив в Регенсбурге одну дивизию Даву. Не спуская глаз с телеграфа, Наполеон приготовился отбыть по первому сигналу.
Военные действия, начала которых Наполеон ожидал 15—20 апреля, начались несколько раньше. Приказы начинать кампании в Италии, Баварии и Богемии были отданы 9—10 апреля. Генерал-лейтенант Беллегард, командовавший 50 тысячами человек, которым назначалось выйти через Богемию, перешел границу Верхнего Пфальца в двух пунктах, Тиршенройте и Вернберге. Корпуса генерал-лейтенантов Гогенцоллерна, Розенберга, Гилл ера и эрцгерцога Людвига и два резервных корпуса Иоганна Лихтенштейна и Кинмайера, составлявшие вместе с артиллерией 140 тысяч человек, располагались 1 апреля вдоль Трауна, а 9 апреля — вдоль Инна, франко-баварской границы, переход которой означал начало войны и должен был повлечь за собой одну из самых кровопролитных кампаний века. Вечером 9-го возглавивший войска эрцгерцог Карл, которого сопровождал император, прибывший в Линц, чтобы быть ближе к военному театру, послал одного из своих адъютантов к королю Баварии с письмом, объявляющим, что он имеет приказ выдвигаться вперед и будет обращаться как с врагами с любыми войсками, которые окажут ему сопротивление. Это письмо и стало единственным объявлением войны, адресованным Франции и ее союзникам. Вместо ответа король Баварии Максимилиан покинул свою столицу и отбыл в Аугсбург, а баварские войска, располагавшиеся на Изаре, в Мюнхене и Ландсхуте и уже перешедшие под командование Лефевра, получили приказ оказать сопротивление.
Утром 10 апреля австрийская армия перешла Инн и начала войну. Она не знала точного месторасположения французов, но располагала сведениями о том, что французы находятся в Ульме, Аугсбурге и Регенсбурге, куда двигался Даву. Она надеялась застать их врасплох в таком рассредоточенном состоянии, дойти до Дуная, прежде чем они успеют окончательно сосредоточиться, перейти его между Донаувертом и Регенсбургом, соединиться правым флангом с корпусом Беллегарда и победоносно вторгнуться в Верхний Пфальц, Швабию и Вюртемберг. Корпуса Гиллера и эрцгерцога Людвига, а также второй резервный корпус, общей численностью 58 тысяч человек, возглавляемые принцем-главнокомандующим, перешли Инн в Браунау утром 10 апреля. Корпус Гоген-цоллерна, численностью 27-28 тысяч человек, в ту же минуту перешел Инн под Мюльхаймом. Четвертый корпус и первый резервный корпус, всего в 40 тысяч человек, осуществили переход в Шердинге, неподалеку от места впадения Инна в Дунай. На крайнем левом фланге, дивизия Елачича, примерно в 10 тысяч человек, перешла Зальц и направилась на Мюнхен. На крайнем правом фланге бригада Вецсея, насчитывавшая 5 тысяч человек и состоявшая из легких войск, должна была следовать вдоль Дуная, вести разведку на правом флаге и занять крепость Пассау в месте слияния Инна и Дуная.
Перейдя Инн, австрийцы тремя колоннами двинулись к Изару, где ожидали встретить баварские войска и начать бои. Хоть они и постарались сделать свою армию более мобильной, но продвигались медленно, прежде всего, по привычке, во-вторых, из-за дождей и, наконец, из-за обременительных передвижных складов. Рассчитывая вести захватническую войну, но не умея жить повсюду, как французы, они задумали заменить свои огромные провиантские склады передвижными складами, следовавшими за армией. Помимо передвижных складов, они везли превосходное понтонное снаряжение и множество артиллерии, поэтому на несколько дней завязли между Инном и Изаром и только 15-го подошли к Изару. До сих пор им встречались только кавалерийские разъезды баварцев, которые австрийцы не трогали, чтобы продлить свою приятную иллюзию, что германцы не станут оказывать им военного сопротивления. Эрцгерцог Карл приготовился перейти Изар перед Ландсху-том 16 апреля и теперь уже не мог ни строить иллюзий, ни внушать их кому-либо, ибо на другой стороне реки стояли баварцы, готовые к обороне.