На следующий день, 7 июля, Наполеон переместил свою штаб-квартиру в императорскую резиденцию Волькерс-дорф, где пребывал император Франц во время Ваг-рамского сражения. Он предоставил этот день всем корпусам для транспортировки раненых в передвижные госпитали острова Лобау, присоединения откомандированных или заблудившихся солдат, пополнения запасов провианта и боеприпасов, словом, для подготовки к выполнению быстрого и длинного и марша. Оставшиеся целыми корпуса Наполеон направил на дорогу, где вероятнее всего было найти неприятеля. Разумнее всего казалось искать его на пути в Моравию, ибо Моравия, расположенная между Богемией и Венгрией, позволявшая оставаться в сообщении и с той и с другой великими провинциями, привлекать их ресурсы и выбрать ту или другую для длительного сопротивления, должна была показаться побежденному австрийскому главнокомандующему наилучшим местом для отступления. Прежде всего Наполеон направил на дорогу в Никольсбург кавалерию Монбрена, а вслед за ней уже вечером 7-го пустил прекрасный корпус Мар-мона, который был готов к немедленному выступлению, поскольку не сражался 6-го. К ним были присоединены баварцы Вреде, которые участвовали в сражении только артиллерией. Предписав всем направляться в Моравию, Наполеон предоставил им свободу поворачивать вправо или влево, на Венгрию или на Богемию, в зависимости от того, что удастся разведать генералу Монбрену о направлении отступления австрийцев. Массена он предписал как можно скорее собрать войска и с наименее пострадавшими дивизиями Леграна и Молитора выдвигаться вдоль Дуная для наблюдения за дорогой в Богемию. Он передал ему кирасир Сен-Сюлышса и кавалерию Лаесаля, которой после смерти Лассаля командовал Марула, а после ранения последнего — генерал Брюйер.
На следующий день Наполеон, будучи еще весьма слабо осведомлен о движении австрийцев, послал Даву, армейский корпус которого полностью оправился после сражения, к Никольсбургу вслед за Мармоном, придав ему драгун Груши и кирасиров генерала Арриги. Вместе с войсками Мармона эти войска составляли в целом не менее 45 тысяч человек, способных одолеть всю армию эрцгерцога Карла. В то же время Наполеон направил на Марх саксонцев для наблюдения за эрцгерцогом Иоганном. Евгения с частью его армии он оставил под Веной для сдерживания столицы в случае волнений либо чтобы остановить эрцгерцога Иоганна, если тот попытается перейти на правый берег, в чем ему могли помочь Ха-стелер и Дьюлаи. Вдобавок к Вене был отведен Вандам с вюртембержцами. Макдональда Наполеон направил следом за Массена, а сам еще на сутки остался в Воль-керсдорфе, с гвардией, кирасирами Нансути и молодыми войсками Удино, надеясь дождаться надежных сведений о том, по какой из двух дорог — в Моравию или в Богемию — отступает неприятель.
Хотя Наполеон и не верил в возможность длительного сопротивления австрийцев, тем не менее, не желая ничего оставлять на волю случая во время его удаления от Вены, он не только отвел часть своих сил на охрану столицы, но и принял необходимые меры для приведения ее в состояние обороны. Он приказал привезти в Вену 109 орудий большого калибра, защищавших переправу через Дунай, и расставить их на городских стенах, закрыть все бастионы, дабы защитить гарнизон от нападения извне и изнутри, собрать трехмесячный запас продовольствия и боеприпасов для 10 тысяч человек, подвести в Вену многочисленные лодки, послужившие для различных операций на острове Лобау, восстановить Таборский мост, перебросив его на лодках, пока он не будет установлен на сваях, и прикрыть обширными плацдармами на обоих берегах. В то же время он приказал пополнить вооружение Рааба и завершить в Мельке, Линце и Пассау строительство укреплений, которые по-прежнему обеспечивали его линию операций. Приняв эти меры на случай продолжения войны, Наполеон решил воспользоваться одним из главных следствий победы в Ваграме, которое могло незамедлительно доставить ему финансовые ресурсы, и обложил занимаемые им провинции австрийской монархии военной контрибуцией в двести миллионов. Будучи раз декретирована, эта контрибуция уже не могла стать предметом обсуждения при последующих мирных переговорах, если таковые, как он считал, вскоре начнутся.
Между тем эрцгерцог Карл, неизвестно по какой причине, решил отступать в Богемию. То ли он опасался не успеть вовремя добраться до дороги в Моравию из-за направления, которое приняла Ваграмская битва, то ли хотел сохранить Богемию для монархии и оставаться в сообщении с центром Германии, которую по-прежнему надеялись воодушевить на восстание, но он отступил на Цнайм, двигаясь по дороге, ведущей в Прагу. Перемещаясь в Богемию, он запирался на своего рода арене для поединка, которую его противник мог пересечь за несколько маршей, не слишком удаляясь от Дуная, что ставило всё в зависимость от ближайшей и последней встречи, в исходе которой сомнений не было.