Наконец, север Испании, представлявший французскую линию операций, был вверен попечению кавалерийского войска и множества отдельных корпусов, формировавших гарнизоны Бургоса, Витории, Памплоны, Сан-Себастьяна, Бильбао и Сан-Андреса, которые при необходимости могли составить несколько мобильных колонн. После отъезда маршала Бессьера этими корпусами в Кастилии командовал генерал Келлерман, а в Бискайе — генерал Бонне. Служившие во французских тылах подразделения, объединявшие солдат многих родов войск, набранных из различных корпусов, составляли примерно 34 тысячи человек, 15—18 тысяч из которых могли оказать полезные услуги, и доводили до 200 тысяч человек реальную численность солдат из номинального состава в 300 тысяч, задействованного на Иберийском полуострове.
Это были лучшие войска Франции, которые принимали участие в войнах Революции и Империи и одерживали победы в Италии, Египте и Германии! Вот до чего довело завоевание Испании, считавшееся поначалу минутным делом.
Наполеон предполагал, что трехсоттысячная армия уменьшилась не столь сильно, как это произошло на самом деле, и ее будет более чем достаточно для усмирения Испании, тем более что англичан должна была отвлечь от помощи испанцам кампания в Ла-Корунье. Несомненно, при сильном руководстве было бы довольно и двухсот тысяч, хотя пылкость восставшего народа и способна творить чудеса. Однако власть, оставленная Наполеоном в Мадриде, не могла заменить ни его гения, ни его воли, ни его влияния на людей. Жозеф не был наделен достоинствами главнокомандующего, хоть и притязал на воинскую славу как старший в семье. Но он не обладал ни энергией, ни военным опытом, а за отсутствием опыта — ни одним из тех высоких качеств, которые могут его заменить. Он взял себе в наставники достойного и разумного маршала Журдана, на суд которого представлял военные планы, но чаще всего не слушал его советов и следовал минутным побуждениям. Наполеон, заметивший в Мадриде притязания Жозефа, посмеивался над ним. К тому же он не любил Журдана за его высказывания в прошлом, но, посмеиваясь над братом, он не мог не насмехаться над начальником его штаба Журданом, который не поддавался на насмешки. Всё это не укрепляло авторитет короля и начальника его штаба в глазах генералов, которые обязаны были им повиноваться.
Порядок, обеспечивавший иерархию командования, оказался весьма непродуманным. Приказы Наполеона гласили, что король Жозеф заменит его как главнокомандующий армиями Испании, однако всем командующим корпусами, маршалам и генералам предписывалось сноситься непосредственно с военным министром Кларком и получать приказы касательно всех операций от него. В результате они должны были считать власть короля Жозефа чисто номинальной, в то время как единственная действительная для них власть находилась в Париже.
И хотя командование Наполеона, казалось бы, было предпочтительнее любого иного, следует заметить, что приказы Жозефа, отдававшиеся пусть и без знания войны и недостаточно энергично, но с места событий и в большем соответствии с текущими обстоятельствами, могли привести к лучшим результатам, нежели приказы Наполеона, отдававшиеся с расстояния в шестьсот лье и в минуту прибытия нередко не отвечавшие сложившемуся положению. Лучше было бы, если бы Наполеон, наметив общий план кампании, задумать который мог только он один, предоставил Главному штабу Жозефа возможность руководить его исполнением. Передав Жозефу только номинальную власть, он невольно подготовил губительную военную анархию на Иберийском полуострове.
Этим причинам конфликта сопутствовали и другие, столь же досадные. Испанская война, помимо того, что была разорительна в людях, оказалась разорительна и в деньгах. Признав, что не может оплачивать все расходы на нее, Наполеон решил, что армия будет жить за счет оккупированной страны. Однако Жозеф, подобно королю Луи в Голландии и королю Мюрату в Неаполе, искал популярности у новых подданных и, чтобы завоевать их сердца, защищал от французской армии, которая должна была подчинить их ему. Армия же, полагавшая, что делает королями бездарных братьев своего генерала, удивлялась и даже возмущалась тем, что король предпочитает мятежных подданных солдатам, которым обязан короной, и к тому же является не только их должником, но и соотечественником. Генералы, офицеры и даже солдаты вели весьма нелицеприятные речи о создаваемых их руками монархиях, а при дворе Жозефа о французской армии и ее командирах говорили так, как могли бы говорить сами испанцы.