Гумбольдтовское направление в основном связывается В. Матезиусом с далеко не самой главной для него идеей о возможности сравнивать языки, «не обращая внимания на их генетическое родство». Упомянуто противопоставление ergon — energeia, однако от рассмотрения философских идей В. фон Гумбольдта В. Матезиус отказывается вообще. Отмечено, что подход к языку как к деятельности помог В. фон Гумбольдту «понять значение функции в языке», но принуждал его «слишком высоко оценивать психологическую точку зрения». Главным недостатком концепции В. фон Гумбольдта признается «стремление выводись характер языка из характера говорящего им народа». Анализируя развитие данной традиции у X. Штейнталя и др., В. Матезиус указывает, что все эти ученые не смогли «чисто лингвистическим способом» сформулировать свои идеи и «на базе их создать точные исследовательские приемы». Итак, два направления имели противоположные друг другу достоинства и недостатки: гумбольдтианцы выдвигали перспективные идеи, но не имели методов для их разработки, младограмматики имели совершенный сравнительно-исторический метод, но слишком узко понимали теорию.
Новая лингвистика, согласно В. Матезиусу, начинается с двух ученых: И. А. Бодуэна де Куртенэ и Ф. де Соссюра. Первый из них осознал роль функции в языке и ввел в науку понятие фонемы. Однако он недостаточно порвал с традицией, поскольку «был введен в заблуждение изменчивым светом психологии и слишком большое внимание уделял факту постоянного изменения в языке». Этой ошибки избежал Ф. де Соссюр, последовательно разделивший синхронию и диахронию. Другая его важнейшая идея — структурный подход к языку. Идущее от И. А. Бодуэна де Куртенэ понятие функции и идущее от Ф. де Соссюра понятие структуры могут, по мнению чешского ученого, дать «плодотворную базу для будущего языкознания». Пражский подход, опирающийся на данные два понятия, позволяет объединить «гумбольдтовскую свежесть наблюдений с бопповской строгостью и методической точностью».
В то же время пражцы спорили с другими школами структурализма, прежде всего с глоссематикой и дескриптивизмом, подчеркивая, что, сходясь с этими направлениями в точке зрения на структуру, расходятся с ними в связи с отсутствующим или имеющим иной смысл там понятием функции.
Полемике с глоссематикой специально посвящена статья В. Скалички «Копенгагенский структурализм и „пражская школа“, включенная в хрестоматию В. А. Звегинцева. Там же помещена и статья Б. Трнки, Й. Вахека и др. „К дискуссии по вопросам структурализма“, где также затрагивается эта тема. Обе статьи относятся уже к послевоенным годам (соответственно 1948 и 1957 г.), но отражают идеи, вполне сложившиеся у пражцев еще в 20-е гг. В. Скаличка в 1948 г. указывал, говоря о современной ему лингвистике: „Позиции младограмматиков окончательно оставлены. Новые направлений борются между собой“. Это было не вполне верно, поскольку историки конкретных языков продолжали работать, оставаясь на младограмматических позициях. Однако младограмматизм действительно к тому времени уже перестал развиваться в идейном плане, а большинство теоретиков языка стояли на позициях того или иного направления структурализма, среди которых глоссематика тогда считалась влиятельной.
В. Скаличка отмечал, что разные направления структурализма идут от разных высказываний Ф. де Соссюра, не вполне сочетающихся друг с другом. От одних высказываний шли глоссематики, от других пражцы. Л. Ельмслев, по словам В. Скалички, требовал „освобождения языкознания от груза других наук“, главное для него — „требование лингвистики чисто лингвистической“. Для пражцев это неприемлемо: „Если при научном исследовании мы пренебрегаем его реальностью, мы ее деформируем. Лингвистическое мышление в понимании Ельмслева становится свободным от всех ограничений. Он сбрасывает с плеч весь огромный груз многообразных отношений к действительности (что учитывают пражские лингвисты). Однако при таком понимании язык становится всего лишь бесцельной игрой“. Именно понимание языка как игры было более всего неприемлемо у Л. Ельмслева для пражцев. Впрочем, и сам Л. Ельмслев пытался скорректировать такую крайнюю точку зрения введением понятий нормы и узуса.
В связи с отношением языка к реальности оказывается невозможным и безоговорочное использование критериев непротиворечивости, простоты и в первую очередь полноты: „Поскольку нам известны все сложнейшие отношения языка к литературе, к обществу, культуре, искусству и т. д., мы не можем говорить об изолированном, исчерпывающем описании текста. Мы знаем, что в тексте мы можем полностью проследить в лучшем случае развитие отдельных букв или же звуков. Значение же текста постоянно меняется. Один и тот же текст кажется иным старому человеку и молодому, человеку с образованием и без образования, современному человеку и человеку, который будет жить через сто лет“. Возражает В. Скаличка и против чисто дедуктивного подхода к языку, считая необходимым в исследовании сочетать дедукцию с индукцией.