Его доклад впервые опубликован лишь в 1991 г. в указанном выше томе. После него Е. Д. Поливанов потерял возможность работать в Москве, где в 1926–1929 гг. фактически возглавлял московское языкознание, и был вынужден вернуться в Среднюю Азию, где марристы продолжали его преследовать. Ему удалось в 1931 г. выпустить книгу «За марксистское языкознание», где он вновь выступил против марризма. После этого травля Евгения Дмитриевича развернулась с новой силой и он навсегда потерял возможность печататься в Москве и Ленинграде. Иногда удавалось что-то опубликовать малым тиражом в Средней Азии (книги «Русская грамматика в сопоставлении с узбекским языком» и «Опыт частной методики преподавания русского языка узбекам», проект дунганского алфавита), а также за рубежом, в изданиях Пражского лингвистического кружка, с которым он был тесно связан через посредство Р. Якобсона. Но многое пропало или же до сих пор не издано.
Для научного подхода Е. Д. Поливанова характерны большая теоретичность, стремление к системному подходу и к выявлению причинно-следственных отношений в языке, сохранение психологизма, представление о возможности и необходимости сознательного вмешательства в язык и языковой политики, попытки связать лингвистику с практикой. В любой его работе, даже посвященной конкретным вопросам конкретного языка, присутствует общелингвистическая проблематика.
Многое в концепции В. Д. Поливанова шло от его учителя, в частности, психологическое понимание фонемы и фонологии. Он устойчиво сохранял, в отличие от Л. В. Щербы, термин «психофонетика», см. название первой его большой книги, изданной в 1917 г.: «Психофонетические наблюдения над японскими диалектами»; такие же идеи он высказывал до конца жизни. Сохранял он психологический подход и в связи с изучением изменений в языке. Отрыв лингвистики от говорящего человека, свойственный большинству структуралистов, был неприемлем для Е. Д. Поливанова. Он никогда не ограничивался изучением языка «в самом себе и для себя».
Один из вопросов, постоянно занимавших ученого, — вопрос о причинах языковых изменений. Как уже упоминалось, этот вопрос не мог быть решен наукой XIX в., и ее неспособность выявить причины описывавшихся ею звуковых и семантических переходов стала одним из оснований для смены лингвистической парадигмы в начале XX в. Однако большинство направлений структурализма, сосредоточившись на синхронных исследованиях, вообще сняло данный вопрос с повестки дня. Некоторое исключение здесь составляли лишь пражцы, а также французские структуралисты. С другой стороны, марристы и некоторые другие языковеды, прежде всего в СССР, выдвинули научно явно не обоснованные концепции о том, что изменения в языке прямо выводятся из изменений в экономике и политике. Е. Д. Поливанов, споря с такой упрощенной точкой зрения, выдвигал более разработанную концепцию причинно-следственных отношений в языковом развитии. Этому вопросу посвящено несколько его публикаций. Эти статьи, как и ряд других его важных работ, вошли в посмертный сборник «Статьи по общему языкознанию», вышедший в 1968 г.
Е. Д. Поливанов вслед за Ф. де Соссюром отмечал объективное противоречие в развитии языка. С одной стороны, для нормального функционирования язык должен быть стабилен: «В эволюции языка вообще, в виде общей нормы, мы встречаемся с коллективным намерением подражать представителям копируемой языковой системы, а не видоизменять ее, ибо в противном случае новому поколению грозила бы утрата возможности пользоваться языком как средством коммуникации со старшим поколением». С другой стороны, «изменения — это неизбежный спутник языковой истории и… на протяжении более или менее значительного ряда поколений они могут достигнуть чрезвычайно больших размеров». В обычных условиях «на каждом отдельном этапе языкового преемства происходят лишь частичные, относительно немногочисленные изменения», а принципиально значительные изменения «мыслимы лишь как сумма из многих небольших сдвигов, накопившихся за несколько веков или даже тысячелетий».