Понятие звукового закона обобщало и вводило в четкие рамки уже существовавшую на практике методику сравнительно-исторического исследования. Само по себе сопоставление фонетики и морфологии тех или иных языков и даже установление регулярных соответствий еще не давало возможности определенно говорить о языковом родстве. Надо было выявленные регулярности объяснить в рамках некоторой гипотезы о историческом развитии от языка-предка к языку-потомку. Важнейшим компонентом такой гипотезы было представление о том, что некоторый звук (фактически фонема) языка-предка переходил в некоторый звук языка-потомка либо всегда вообще, либо всегда в определенной позиции (в начале или конце слова, в соседстве с тем или иным звуков); частный случай изменения — сохранение в прежнем виде. Компаративисты-дилетанты и компаративисты эпохи Ф. Боппа пренебрегали такими строгими закономерностями; не владевшему компаративной методикой Н. Я. Марру один из его критиков говорил: «У Вас все звуки переходят во все звуки». Понятие же звукового закона позволяло сделать компаративистику действительно точной наукой и проверять ее результаты.
В то же время понятие о не имеющем исключений законе, будучи в методологическом отношении большим шагом вперед, явно не согласовывалось с реальностью: у всех законов, найденных и до младограмматиков, и самими младограмматиками, оказывались те или иные исключения, нередко сугубо индивидуальные. Сами Г. Остхоф и К. Бругман это осознавали, и поэтому свой первый методический принцип они дополнили вторым: принципом аналогии. Речь шла о звуковых изменениях в отдельных словах или грамматических формах под влиянием других слов или форм (ср. понятие аналогии у античных ученых). Классический пример аналогии: начальный взрывной в русском
Однако далеко не все исключения можно было объяснить аналогией. Сами Г. Остхоф и К. Бругман упоминали и еще один «возмущающий фактор»: «диссимиляции и перестановки звуков (метатезы)», являющиеся «физическим отражением чисто психического явления». Они считали, что такие явления «никоим образом не уничтожают понятия языкового закона», но «возмущающих факторов» оказывалось все больше. Как мы увидим дальше, именно слишком строгое понимание звукового закона стало главным объектом критики младограмматиков со стороны их так называемых «диссидентов».
Уже спустя несколько лет сами младограмматики вынуждены были пересмотреть свою слишком категоричную формулировку. Со значительными оговорками писали о звуковых законах и Г. Пауль в книге, о которой речь пойдет ниже, и в еще большей степени Б. Дельбрюк в книге «Введение в изучение индоевропейских языков», ставшей последней по времени крупной обобщающей работой младограмматиков. Здесь Б. Дельбрюк во многом соглашался с критикой «Манифеста» X. Шухардтом и прямо предостерегал против отождествления фонетических законов с законами в физике или химии. Итоговый взгляд младограмматиков на фонетические законы он формулировал так: «Отрицательный ответ должен быть дан на особенно привлекательный для дилетанта вопрос о том, доказано ли отсутствие исключений из фонетических законов на фактическом материале по отношению к какому-нибудь одному языку. Ничего другого нельзя ожидать по отношению к историческим законам. Их применимость ко всем случаям не может быть доказана опытом; следует ограничиться собиранием доказательств, оставляя не поддающийся объяснению материал для будущего исследования. Но на основании единичных необъясненных случаев нельзя делать вывод о недействительности всего закона в целом».
Иными словами, положение о законах, не имеющих исключений, — это некоторое априорное методическое правило, позволяющее лингвисту работать, вовсе не обязательно соответствующее действительности на сто процентов. Компаративист должен исходить из этого правила как из идеала и объяснять все звуковые переходы на его основе, насколько это возможно. И лишь абсолютно не поддающиеся никаким правилам исключения приходится объяснять особым образом. При этом и Б. Дельбрюк считал основным принципом, нарушающим действие законов, принцип аналогии. Такой подход, как бы его иногда ни критиковали с разных позиций, и поныне остается незыблемым методическим правилом компаративистики, нарушать которое могут лишь дилетанты.