В 1803 г. Медицинская коллегия была закрыта, а ее функции переданы в Министерство внутренних дел (Медицинский департамент). При этом же Министерстве был учрежден Медицинский Совет – высшее научное медицинское учреждение. Он должен был давать заключения по научным трудам и медицинским дипломам иностранных университетов, составлять фармакопею и др.
В XVIII столетии подготовка врачебных кадров осуществлялась при госпитальных школах. Основу 5-10-летней подготовки лекарей составляла программа, применявшаяся в Московской госпитальной школе. Основными предметами были: анатомия; «материя медика», хирургия с десмургией и внутренние болезни. Согласно регламенту, вскрытие трупов стало обязательным.
С 1754 г. по новому учебному плану срок обучения врачей составлял 5-7 лет. На первых курсах изучались: анатомия, фармация, рисование, на третьем и четвертом – физиология и патология, на пятом и шестом — физиология, патология, оперативная хирургия и хирургическая практика, на седьмом – медицинская практика по терапии. Слушатели госпитальных школ работали в анатомическом театре, аптекарских огородах, изучали больных непосредственно в госпитальных палатах. В обязанность госпитальных лекарей входило: составлять «скорбные листы» (истории болезни), записывать признаки болезней в дневник, лечить больных и учить этому искусству учеников.
Важные новшества ввел в систему обучения будущих лекарей Павел Захарович Кондоиди. По его инициативе выделены клинические палаты в госпиталях, организована медицинская библиотека, введено обязательное вскрытие трупов, установлен более строгий экзамен на звание лекаря. Такая система подготовки врачей в России просуществовала более 50 лет.
В 1786 г. госпитальные школы были реорганизованы в медико-хирургические училища, а в 1798 г. – в Медико-хирургическую академию (в Санкт-Петербурге). В Москве Медико-хирургическое училище стало отделением Медико-хирургической академии.
По инициативе гениального русского ученого М. В. Ломоносова 7 мая 1755 г. в Москве открыт первый университет в составе трех факультетов: философского, юридического и медицинского.
Медицинский факультет начал практическую деятельность лишь в 1764/65 учебном году. По штатам того времени на факультете полагалось иметь 3 профессоров: химии, натуральной истории и анатомии. В первый год работы университета медицину изучало лишь 16 студентов. Все занятия проводились в здании бывшей аптеки близ Красной площади. В связи с расширением университета и аварийным состоянием старого здания (1775) решено было строить новое. По проекту зодчего М. Ф. Казакова строительство нового здания университета (ул. Моховая) было начато в 1783 г. и завершено в 1793 г.
Во второй половине XVIII в. преподавание на медицинском факультете вели известные ученые: Семен Герасимович Зыбелин (с 1765 г.), Иван Андреевич Сибирский (с 1770), Игнатий Иосифович Вечь (1776), Михаил Иванович Скиадан (1776), Франц Францевич Керестури (1777) и др. Студенты делились на «казеннокоштных» и «своекоштных». При посвящении в студенты (после первого курса) полагалось носить особую форму – «зеленый мундир с белыми металлическими пуговицами, треугольную шляпу и шпагу».
В 1791 г. Московскому университету разрешено было присуждать после публичной защиты диссертации ученую степень – «градус» доктора. После защиты диссертации «О дыхании» в 1794 г. питомцу медицинского факультета Ф. И. Барсук-Моисееву впервые была присвоена ученая степень доктора медицины.
В начале XIX столетия в России расширилось университетское образование. Открылись университеты в Казани, Дерпте, Вильно, Харькове. При каждом университете были созданы медицинские факультеты, которые сыграли важную роль в подготовке врачебных кадров.
Необходимо определить роль М. В. Ломоносова в развитии медицины. М. В. Ломоносов проявлял огромный интерес к проблемам сохранения здоровья своего народа, к медицине. Медицину он считал наукой, «полезнейшей роду человеческому, которая через познание свойств тела… достигает причины». Любопытно его письмо к графу Шувалову «О размножении и сохранении российского народа» (1761). Вот главные мысли, заключенные в этом письме: открыть лечебные «учреждения коих еще мало» и лечить больных по правилам медицинской науки; «требуется по всем городам (большое) число докторов, лекарей, аптек… чего нет и сотой доли»; Российским университетам дать право «производить достойных в доктора»; «сочинить медицинскую книгу» на русском языке для народа. Здесь же М. В. Ломоносов выражал озабоченность по поводу высокой смертности и заболеваемости в России.