В 1651 году, будучи губернатором Сиваса, Ипшир Мустафа-паша занял Анкару и попытался подчинить этот район своей собственной администрации, позиционируя себя сторонником султанских кавалерийских полков и противником янычар. Одно из требований, с которыми он обратился к правительству, состояло в том, чтобы оно усмирило наместника Ливана, который взимал непомерные налоги с владельцев сельскохозяйственных угодий и хватку которого ему самому прежде так и не удалось ослабить. Вскоре его назначили губернатором Алеппо и поручили пресечь неповиновение. Его успех в этом был связан с тем, что он знал о драматических событиях в Стамбуле, которые побудили его ускорить свою собственную программу решения тех многочисленных проблем, с которыми столкнулось правительство (что до него пытался сделать несчастный Варвар Али-паша). Он уведомил об этом губернаторов провинций Малой Азии, но их ответная реакция носила ограниченный характер. Жалобы на его жесткий стиль управления в Алеппо дошли до Стамбула, как и сообщения о том, что он планирует идти на столицу и покарать занимающих посты государственных деятелей. Встревоженные этим, они попытались унять его гнев, предложив ему пост великого визиря. Сначала он отказался, но в декабре 1654 года двинулся из Алеппо в Стамбул, чтобы вступить в должность. По пути он захватывал сельскохозяйственные угодья, которые раздавал своим людям, и вводил в практику упрощенное судопроизводство. В попытке связать Ипшир Мустафу с правящей династией его обручили с овдовевшей дочерью Ахмеда I, женщиной среднего возраста, Айше Султан.[34]
Ипшир Мустафа продержался на посту великого визиря лишь несколько месяцев и за это время успел до такой степени отвратить от себя даже своих сторонников из кавалерийских полков, что они, объединившись с янычарами, подняли мятеж, который привел к его казни. Он стал единственным губернатором провинции, который в отличие от многих других, воспользовавшись удаленностью от Стамбула, попытался избавиться от контроля центральной власти. Находясь на службе в провинциях, такие люди были в состоянии найти политическую поддержку на местах, с помощью которой они, по-видимому, могли бы диктовать свои условия тогдашнему правительству. Нечасто они поднимались на такие вершины управленческой иерархии, как Ипшир Мустафа. Но за его высокомерным поведением последовало быстрое возмездие.Война за Крит продолжалась. Правящие круги настолько увязли во внутриполитической борьбе за власть, что едва ли можно было надеяться на последовательную внешнюю политику. Военачальники, как могли, выполняли свои задачи (как они их понимали), никогда не зная наверняка, прибудут ли к ним войска и финансовые средства или нет, и опасаясь того, что случаи мятежей (таких, как мятеж в августе 1649 года, когда янычары потребовали, чтобы их отправили домой после двухлетней службы в траншеях Ираклиона) будут повторяться. Им были нужны не только боевые корабли, но и качественное обеспечение живой силой и материальной частью, без которого они были совершенно не в состоянии функционировать. В июле 1651 года (в то лето, когда происходили волнения лавочников и была убита Кёсем Султан) состоялось первое серьезное морское сражение этой войны. Сильный османский флот вышел из Стамбула и, двигаясь на юг, столкнулся с венецианцами у берегов острова Санторин. За первой стычкой последовало сражение у берегов Наксоса в Кикладах, в ходе которого османский флот был рассеян и около тысячи человек попали в плен к венецианцам.
Во время пребывания Тархонку Ахмед-паши на посту великого визиря война на Крите носила вялотекущий характер, но как бывший главный адмирал, его преемник, Дервиш Мехмед-паша придавал ей гораздо большее значение. Во время его пребывания на этой должности, которую он занял в мае 1654 года, это подтвердилось в первом из четырех морских сражений, состоявшихся в проливе Дарданеллы. Оно закончилось победой османского флота, но венецианцы могли утешить себя тем, что турки понесли значительные потери в количестве шести тысяч человек. Новый главный адмирал Кара Мурад-паша, перегруппировав свой флот возле острова Хиос, совершил внезапное нападение на Тинос, затем столкнулся с венецианцами у острова Милос, после чего взял курс на Фочу, что к северу от Измира, а потом вернулся в Дарданеллы, откуда снова двинулся на юг, к острову Крит, и к осени вернулся в Стамбул. В 1654 году венецианцы сумели избежать второго полномасштабного сражения с османским флотом, но в июне 1655 года объединенный венецианско-мальтийский флот столкнулся с противником в Дарданеллах. На сей раз турки ретировались после шестичасового боя. В июле закончилась ничем предпринятая венецианцами пятинедельная осада расположенной на полуострове Пелопоннес Монемвасии.