Другим жертвам репрессий, направленных против тех, кого Кёпрюлю Мехмед опасался или обвинял в разжигании беспорядков, повезло меньше. Совершенно беспрецедентной была казнь через повешение православного патриарха, на том основании, что он поощрял христиан Валахии на восстание против османского правления. Дели Хусейн-паша, обвиненный в незаконном присвоении средств, направленных на Критскую войну, поначалу избежал смерти благодаря вмешательству покровителей Кёпрюлю Мехмеда, находившихся в окружении валиде-султан и утверждавших, что такая судьба неприемлема для человека, который так долго и так достойно служил империи. Поэтому шейх-уль-ислам отказался дать фетву, которая санкционировала бы его казнь. Но вскоре сторонников Дели Хусейна обвели вокруг пальца. Спустя два года Кёпрюлю Мехмед пригласил его в Стамбул и сумел убедить султана в необходимости осуществления быстрой казни своего соперника.
Отнюдь не очевидно то, что Кёпрюлю Мехмед-паша сумел бы удержать власть до самой своей смерти, ведь его соперники тешили себя надеждой на то, что если они найдут достаточную поддержку, то у них появится шанс войти во власть. Любой высокопоставленный государственный деятель Османской империи, который пережил недавние рецедивы насилия по принципу «зуб за зуб», мог считать себя счастливчиком, а тот факт, что он остался жив, укреплял его честолюбивые надежды на то, что однажды он станет великим визирем. Продолжали тревожить старые противоречия, и недовольные искали возможности выразить свое отношение и устранить их. Вскоре после своего возвышения Кёпрюлю Мехмед, преследуя цель удалить своего очередного соперника из Стамбула, приказал сместить Сейди Ахмед-пашу с поста главного адмирала, полученного им за ту роль, которую он сыграл в конце лета 1656 года, отбивая нападение венецианцев на Дарданеллы. Взамен он получил должность губернатора Боснии. Султанская кавалерия, которая поддерживала Сейди Ахмеда, была вне себя от гнева. Что касается янычар, то их убедили стать на сторону властей и противостоять кавалеристам, а сам Кёпрюлю Мехмед постарался создать единый фронт, созывая в свой дворец ведущих представителей всех ветвей государственной власти. Султан наделил его полномочиями наказывать непокорных, и был введен комендантский час. Были казнены некоторые высшие офицеры кавалерийских полков и обезглавлены многие кавалеристы, пытавшиеся скрыться в караван-сараях города и на другом берегу Босфора, в Усюодаре. В ходе дальнейших действий, направленных на то, чтобы уничтожить всех возмутителей спокойствия, стали преследовать тех, кто действовал с ними заодно. По элегантному выражению Абдурахмана Абди-паши, который был наперсником и летописцем султана Мехмеда IV, трупы этих людей «стали пищей для морских тварей».
Крит все еще не был завоеван. Венецианцы не сумели надолго заблокировать Дарданеллы, и в 1657 году турецкие корабли, как обычно, появились в Эгейском море. Венецианцы распыляли свои силы, пытаясь удержать острова Базкаада и Лемнос, которые находились слишком близко от Малой Азии и слишком далеко от их баз. После нескольких месяцев ожесточенных морских сражений в Дарданеллах, в ходе которых сам Кёпрюлю Мехмед командовал сухопутной армией, стоявшей лагерем на анатолийском берегу Проливов, турки снова взяли эти острова и казнили тех, кого сочли нарушившими свой долг во время военной кампании, что стало первым признаком того, что режим Кёпрюлю Мехмед-паши отличается от правления его недавних предшественников. Не менее очевидным было и то, что война с Османской империей становилась для Венеции той прорехой, сквозь которую она теряла свои финансы. Некоторые сенаторы понимали, что восстановление нормальных отношений необходимо для того, чтобы предоставить венецианским купцам доступ к рынку Османской империи, который давал им значительную часть доходов. Однако эта прагматическая точка зрения не являлась господствующей. Был момент, когда турки рассматривали (хотя и совсем недолго) возможность заключения мира с Венецией. Это случилось, когда независимая внешняя политика султанского вассала, Георга Ракоши II, заставила их осуществить несколько военных экспедиций в Трансильванию. Но требование отдать им весь Крит оказалось для Венеции неприемлемым.