Принято считать, что 1821 год знаменует начало движения за независимость Греции от Османской империи. Верное своей политике подавления балканских аристократов, правительство в Стамбуле, похоже, не понимало, какими опасностями грозит вакуум власти на местном уровне. Не понимало оно и того, что, бросив все свои силы на подавление Тепеделени Али, оно оставляет в своем распоряжении лишь немногочисленные войска, которые могло использовать для подавления волнений в других местах. Теперь 25 марта греки ежегодно отмечают свою независимость в память о том дне 1821 года, когда в знак открытого неповиновения османским властям митрополит Старых Патр Герман поднял крест в расположенном на севере Пелопоннеса Калаврите. Неудовлетворенный реакцией своих министров на этот бунт Махмуд в конце марта отправил в отставку великого визиря и шейх-уль-ислама. Правительство призвало православного патриарха Григория V отлучить мятежников от церкви и использовать ее влияние для восстановления порядка. Однако как только масштабы беспорядков на Пелопоннесе стали ясны, его незамедлительно повесили (в пасхальную среду, 22 апреля 1821 года) у ворот патриархата в Стамбуле. Считалось, что он лишился доверия, которое султан оказал ему как лидеру православных подданных империи. Это стало нарушением договоренности между султанами и патриархами, восходившей к эпохе правления Мехмеда Завоевателя.
В марте 1821 года Тепеделени Али-паша оказывал сопротивление османским войскам на западе Балканского полуострова, и адъютант русского царя, генерал и князь Александр Ипсиланти, который заявлял, что его предками были представители благородного византийского рода Комнинов, возглавил небольшую армию, которая перешла Прут и двигалась на юг в надежде получить поддержку со стороны антитурецких элементов в Молдавии и Валахии. Когда известие об этом дерзком походе достигло Стамбула, патриарх предал анафеме и самого Ипсиланти, и его сподвижников, объявив их «безбожными командирами, безрассудными перебежчиками и вредоносными изменниками». Но его все равно повесили. Османское правительство было обескуражено и приняло меры, направленные на то, чтобы разоружить православных греков, которые составляли немалую часть населения Стамбула и Эдирне, а также других крупных городов. Впрочем, в то же самое время султан издал указ, направленный на то, чтобы оградить греков от нападений мусульман. Ипсиланти удалось ненадолго взять в свои руки управление Молдавией, но Валахия находилась в состоянии хаоса (вызванного антибоярским восстанием под предводительством командира ополчения Тудора Владимиреску), а в конце июня его малочисленные войска были разбиты османской армией. Русское правительство не оказало ему поддержку, а сербский князь Милош Обренович (преемник Карагеоргия) не смог ответить на предложение о совместном противодействии туркам. На самом деле неизвестно, была ли экспедиция Ипсиланти скоординирована с беспорядками на Пелопоннесе, или же это был донкихотский поступок человека, мечтавшего о воссоздании на территории османских Балкан Византийской империи, в которой на смену исламу придет православное христианство.