В конце концов Сталин увидел в этом опеку и контроль над собой, опасность со стороны Берии и приказал убрать всех грузин с дачи и из Кремля.
Сталин видел растущее влияние Берии и стал бояться его. Он даже назначил министром госбезопасности В.С.Абакумова, весьма деятельного человека, но Берия ловко сумел подчинить его себе. Мало того, Берия поставил себя так, что без его предварительного согласия у Сталина не решался ни один вопрос, если даже он исходил и от членов Политбюро. Он стал открыто выражать свое неуважение к Сталину, что рассматривали как его провокационное подстрекательство к поиску нелояльных Сталину и последующего доклада об этом Сталину. Этот неприязненный человек, которого породил сам Сталин, стал грозой для всех и опасным для самого Сталина.
Сталин боялся, что Берия может уничтожить его такими же путями и средствами, какими он убирал многих других. Обширная сеть лагерей и тюремных колоний продолжала еще действовать. В это время многие из тех, кто отбыл наказание по судам в 30-е годы, были вновь арестованы и сосланы просто на основе административных распоряжений. Все это переросло в общее ужесточение репрессий и главное — безмолвных, т.е. без суда и следствия.
Таким ударам, как правило, подвергались наиболее видные социальные группы: интеллигенция, военные, имевшие контакты с иностранцами или лица, возвратившиеся из-за границы на постоянное жительство в СССР. В их число входили также депортированные и ссыльные в отдаленные районы, изменники Родины, власовцы, украинские националисты и т.п.
В конце 40-х годов волна бериевских репрессий затронула высоких советских руководителей, что вылилось в так называемое “ленинградское дело”. В опалу тогда попали многие ленинградцы, работавшие на высоких административных должностях в Москве и в Центральном Комитете партии. Эти люди были сняты с занимаемых постов, арестованы и расстреляны.
Причиной этому послужило то, что после войны слишком высоко поставили себя над другими ведомствами органы госбезопасности в лице Берии. Это развязало ему руки и позволило тихо убирать всех неугодных ему и его другу Маленкову видных и способных партийных и хозяйственных работников. Началось все с Ленинграда, где якобы в то время имели место проявления русского национализма, выразившегося в том, что ленинградцы выступили за провозглашение их города столицей Российской Федерации. Вдобавок к этому им вменялось несогласие с политикой ЦК ВКП(б) и ряд других обвинений, как, например, участие в заговоре против Центрального Комитета ВКП(б).
Начались аресты партийных руководителей, директоров предприятий и военных в Ленинграде. Первым был арестован П.С.Попков, первый секретарь Ленинградского областного и городского комитета партии. После этого волна арестов была перенесена в Москву и захватила тех, кто в последние годы был переведен туда на работу из Ленинграда. В основном это были люди, ранее работавшие в Ленинграде со Ждановым, которых он и перевел в Москву. Среди них были: Н.А.Вознесенский, член Политбюро, первый заместитель Председателя Совета Министров СССР, Председатель Госплана СССР, талантливый экономист и принципиальный руководитель; А.А.Кузнецов — секретарь ЦК ВКП(б), бывший первый секретарь Ленинградского областного и городского комитета партии, один из организаторов обороны Ленинграда; Г.М.Попов — секретарь ЦК ВКП(б), первый секретарь Московского городского комитета партии, Родионов — Председатель Совета Министров РСФСР, Басов — Председатель Госплана РСФСР и брат Вознесенского — министр просвещения РСФСР, и многие другие секретари райкомов, директора и инженерные работники заводов г. Москвы.
В опалу попал и Алексей Николаевич Косыгин, хотя ни к каким группам, заговорам не принадлежал. Все это было выдумкой Берии и Абакумова. Единственной причиной положения, в котором он оказался, было то, что он был в родстве с А.А.Кузнецовым, и то, что был ленинградцем.
Сталин дважды высказывал свое мнение о том, чтобы освободить Вознесенского и направить на прежнее место работы, однако Берия и Маленков настаивали на своем. Это как раз и свидетельствовало о большом влиянии Берии на Сталина. Вся причина их поведения сводилась к личным амбициям и устранению Вознесенского как непокорного Берии, а Кузнецова — как претендента на место Маленкова.
Редко кому тогда удалось избежать сурового наказания. В основном эти люди были расстреляны. Берия сделал все это молчком, тихо и своими методами. О “ленинградском деле” в то время никто ничего не знал. Ходили слухи, разговоры об арестах и расстрелах, делались догадки, и только на XX съезде КПСС о нем стало известно более или менее открыто.