Хотя православное меньшинство получило по воле султана определенное место в структуре турецкого общества, вскоре стало ясно, что христианство воспринимается как второразрядная религия, а христиане — как граждане второго сорта. Они платили высокие налоги, носили особую одежду, Церкви была запрещена миссионерская деятельность, а обращение мусульманина в христианство рассматривалось как преступление. За право вступления в должность патриарх должен был платить султану огромную сумму денег, и, как правило, патриархом мог стать тот из претендентов, кто был способен больше заплатить. Султаны были, таким образом, заинтересованы в том, чтобы как можно чаще менять патриархов. Причиной частой смены патриархов были также внутренние нестроения в Константинопольском Патриархате и борьба за патриарший престол. Кроме того, любое проявление нелояльности по отношению к турецкому режиму жестоко каралось. В результате из 159 Константинопольских патриархов, занимавших престол между XV и XX веками, 105 были смещены турками, 27 вынужденно отреклись от престола, 6 были умерщвлены, и лишь 21 умер своей смертью, находясь на должности. Один и тот же человек мог стать патриархом и быть низложен несколько раз.
После захвата Константинополя турки продолжили завоевательные походы, в ходе которых порабощению подвергались в том числе исконно православные земли. В 1459 году Мехмед II овладел Сербией. В первой четверти XVI века в результате военных походов султана Селима I в составе Османской империи оказались Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский Патриархаты. После превращения Сербии в провинцию Османской империи автокефалия Сербской Церкви была утрачена и Церковь вошла в Константинопольский Патриархат (ранее, в конце XIV века, после завоевания Болгарии турками, в состав Константинопольского Патриархата вошла Болгарская Церковь). Древние Восточные Патриархаты не были упразднены, однако фактически находились в зависимости от Константинопольского патриарха, который был единственным главой Православной Церкви на территории Османской империи, признанным государственной властью.
Православие на Руси
Православие в Киевской Руси
Ко времени падения Византии Православие на Руси насчитывало уже несколько веков. После того как Русь была крещена князем Владимиром, в ней была образована Киевская митрополия в юрисдикции Константинопольского Патриархата. Первые митрополиты были греками и присылались из Константинополя, богослужение поначалу совершалось тоже на греческом языке. В Русской Православной Церкви первым митрополитом Киевским признается Михаил
: считается, что святой князь Владимир привез его с собой из Корсуни. Одновременно или почти одновременно с митрополией в Киеве епископские кафедры были основаны в Новгороде, Полоцке и некоторых других городах. Множество храмов строилось по всей Руси, открывались приходские школы, и во всех городах и селах совершались массовые крещения. К концу правления Владимира в одном только Киеве было около 400 церквей.После смерти князя Владимира в 1015 году между его сыновьями началась борьба за власть: Святополк объявил себя князем Киевским и, дабы избавиться от возможных соперников, умертвил своих родных братьев — Бориса, который княжил в Ростове, и Глеба, княжившего в Муроме. Почитание Бориса и Глеба началось вскоре после их кончины, и уже в 1026 году на месте их погребения митрополитом Киевским Иоанном I был освящен храм. Борис и Глеб были первыми святыми, прославленными Русской Церковью; хотя они не были мучениками за Христа, они были прославлены как страстотерпцы, не пожелавшие поднять руку на брата и защитить свою жизнь, но отдавшие ее ради прекращения междоусобицы и водворения мира.
Убийца Бориса и Глеба, Святополк Окаянный, был в 1019 году побежден другим сыном святого князя Владимира, Ярославом Мудрым, чье долгое правление было ознаменовано дальнейшим распространением христианства. При Ярославе были построены Софийский собор в Киеве, кафедральные соборы в Новгороде и многих других городах, при нем же появились первые монастыри и началась систематическая работа по переводу греческих богослужебных книг на славянский язык.
При Ярославе в Киеве появился первый митрополит русского происхождения, Иларион, избранный и поставленный на Киевскую митрополию Собором русских епископов. В историю Русской Церкви митрополит Иларион
вошел как выдающийся просветитель и духовный писатель. Из его творений особой популярностью на Руси пользовалось «Слово о законе и благодати» — одно из первых оригинальных произведений русской письменности.С именем митрополита Илариона летописная традиция связывает и основание Киево-Печерского монастыря
.